카논이 인간의 모습으로 돌아오고 첫 생일을 맞이한 밤, 갑자기 사건이 일어났다.

타케루 일행의 앞에 3명의 가면라이더 다크 네크롬을 이끌고 가면라이더 다크 고스트가 나타난 것이다. 싸움 도중, 타케루, 마코토, 앨런, 그리고 아카리, 오나리, 카논은 무지개 빛 너머로 가게 되었다. 그들이 도착한 곳은, 역사 속의 위인들의 혼이 실체화해서 살아가고 있는 불가사의한 마을이었다. 하지만, 다크 고스트는 이들의 혼을 이용해 100개의 아이콘을 모아 궁극의 아이콘을 완성시킬 음모를 꾸미고 있었다. 아이콘이 완성되면, 모든 세계의 인간을 고스트로 만들 수 있다.

다크 고스트의 정체는 앨런의 형이고, 죽었을 터인 아르고스. 한편 마코토는 오랫동안 행방불명 상태였던 아버지 후카미 다이고와 재회한다. 아르고스의 계획에 반발하는 앨런, 그리고 납치당한 카논을 구하려는 마코토는 이해할 수 없는 행동을 하는 아버지와 격렬하게 충돌하고, 가면라이더 스펙터와 가면라이더 제로 스펙터의 부자 대결로 치달았다!

완성되어가는 궁극의 아이콘, 수많은 시련을 넘어선 타케루는 지금, 궁극의 선택을 강요당한다. 전인류 고스트화 계획을 멈추는 방법은 단 하나 뿐이다.

"안녕히. 나!"

운명의 순간, 타케루는, 그리고 아카리는 무엇을 보는가?