真新鎮的小智以成為寶可夢大師為目標，但他啟程的第一天卻睡過了頭，使他沒能拿到三個初學者寶可夢（妙蛙種子、傑尼龜、小火龍）中的任何一個，而是得到一隻不願意進入寶貝球的皮卡丘。儘管小智很希望與皮卡丘成為朋友，但皮卡丘不領情，不斷以電擊攻擊小智，他的某次攻擊意外命中了烈雀，憤怒的烈雀群起追擊小智與皮卡丘，小智希望皮卡丘進入球中以免受傷害，而受傷的皮卡丘看到小智保護自己的背影，決定成為小智的夥伴。就在此時，傳說的寶可夢鳳王飛過現出彩虹的天空，留下一根彩虹羽毛給小智。