野原家に宇宙船が不時着、中から現われた宇宙人シリリの光線によって、ひろしとみさえは子どもの姿に変えられてしまった。やがて友好関係を築くシリリと野原一家だが、2人を元に戻すには、種子島で待つシリリの父に会わなければならないという。シリリをしんのすけのおケツに隠し、全員子どもの野原一家は、遠く鹿児島県を目指して日本縦断の旅へと出発する。だが一方、その裏ではシリリの父による巨大な陰謀が進行していた。