環境破壊によって地上の汚染が進んだ世界。労働力として生み出された人工生命体マリガンは、人類に反旗を翻して地下世界を掌握する。それから1600年後。生殖能力を失い長命になった人類は、絶滅の危機に瀕し、独自に進化したマリガンの調査に乗り出す。そんな中、政府の募集に名乗り出て地下調査員となったとあるダンス講師は、マリガンたちとの出会いを通じて、人類再生の道を探り始める。