在東京高峰會即將舉行的前一週，位於東京灣的「海之邊緣」發生爆炸事件，當時在場的公安警察發生傷亡。而意外的是，在現場竟然發現了毛利小五郎的指紋，使柯南感到相當不對勁。 同一時間，在現場竟然發現了安室透的身影。當柯南向安室詢問捏造犯人的理由時，安室卻僅以「我有東西非得拼命守護不可」來答覆。在此之後，公安警察的行為越來越令人百思不解。 正當案件即將劃出一道曙光時，案件竟演變成了一場大危機——犯人利用即將返回地球的探測器「天鵝號」，要使其撞上警視廳。在柯南和安室的合作下，成功使其轉道，但卻使「天鵝號」即將墜落於數千人在避難的地方「海之邊緣」，而小蘭等人亦在該處避難。究竟柯南和安室，能否成功保住眾多日本人民的性命？