公元2203年，星系中心的宇宙发生了一场重大灾难。另一个星系是从不同的维数断层中出现的，星系之间的碰撞发生在核恒星系统附近，许多恒星也消失了。 Susumu Kodai被地球防御部队命令为大和号太空战舰的队长，并前往调查。由前盟军戴斯勒（Desler）领导的加尔曼·加米拉苏（Garman Gamirasu）帝国被毁。

同时，在星际空间中迁移的水上行星“水瓶座”从超维断层出现，并淹没了丁吉尔星。大和从丁吉尔救出一个男孩后前往地球，但由于丁吉尔帝国舰队的袭击而无法航行。但是，自动驾驶系统由于坠落的影响而起作用，大和号带着受伤的船员前往地球。

地球从返回的大和情报中确认了水生行星的存在。开始疏散到每个星球和太空殖民地，以避免接近水生星球，但是在丁格尔舰队的熟练战术和超辐射导弹的攻击之前，疏散舰队和地球舰队被歼灭了。受阻。丁格尔酋长鲁加尔（Führer）的目标是将地球作为一个新的移民目的地。丁吉尔人采取的迁移到地球的方法是，在淹没地球并灭绝地球人类之后，人为地扭曲了淹没了自己恒星的水上星球“水瓶座”。

从大和号被奇迹般地救出的归来的杉田幸大幸得以幸免，因为他的情人森森由纪（Yuki Mori）受到了精心照料，但辞职后成为船长，因为他由于自己的错误判断而失去了许多船员的生命。当时，由卢加尔二世（Rugal II）领导的舰队摧毁了地球舰队，并一步步走向地球。大和号是唯一可以解决这一问题的人。在远古时代，他试图登上大和号，但由于辞去了船长而犹豫了。但是，他决定登上大和号，以响应在大和号的第一座桥上听到的第一任船长冲田裕三的声音。

在大和号离开的那天，地球防卫大臣宣布了一个惊人的消息。大和的队长是冲田裕三。在前往依斯干达的途中，冲田被大和的外科医生Sakezo确诊，但并未死于脑部死亡，而是返回了大和。在复活的冲田县之下，大和号开始响应整个地球的祈祷。