愛と平和のために桐生戦兎 / 仮面ライダービルドがエボルトと激闘を繰り広げている中、伊能賢剛率いるブラッド族が暗躍を始める。東都、西都、北都の都知事になったブラッド族はエボルトに代わって地球滅亡を企み、邪魔なビルドを倒すためにビルド殲滅計画を始動し、日本の全国民を洗脳して暴徒化させてビルドを襲わせる。それにより、戦兎の仲間である石動美空と滝川紗羽も敵と化したうえ、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグも捕まったばかりでなく、戦兎の相棒である万丈龍我 / 仮面ライダークローズもブラッド族の手先になってしまう。 龍我が戦兎を倒してハザードトリガーを手に入れると、伊能は仮面ライダーブラッドに変身し、パンドラボックスをも手に入れようと画策する。 史上最悪の危機に、ビルド最後の実験が始まる。