高校生活を過ごす常磐ソウゴ / 仮面ライダージオウを明光院ゲイツ / 仮面ライダーゲイツとツクヨミが追いかけていた。その途中、アナザーデンライナーが墜落、その中からアナザー電王が出現した。しかし、ソウゴはジオウとしての記憶を無くしていたが、偶然取り戻しゲイツと共にアナザー電王に立ち向かう。 同じ頃、1人の少年シンゴを襲うアナザーWに桐生戦兎 / 仮面ライダービルドと万丈龍我 / 仮面ライダークローズが応戦。その途中、前の世界の記憶を失ったはずの猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグが加勢する。戦いの後、幻徳は突然戦兎たちのことを、ツクヨミはソウゴたちのことを忘れてしまう。 一方、ソウゴは仮面ライダーが大好きな少年、久永アタルと出会う。だが、アタルは謎のイマジン、フータロスと契約していた。 アナザー電王、アナザーWを裏で操っているスーパータイムジャッカーのティードが「仮面ライダークウガから始まった平成ライダーの歴史が今、終わりを告げる」と宣言し暗躍を始め、シンゴを狙っていた。そして、シンゴを保護した戦兎は、ティードに洗脳されてしまう。