铁郎在外旅行一年后回到了地球，却被总督波尔加扎达三世当成是危险分子即将处死。危急时刻，999号救了铁郎。在999号列车上，铁郎与美特尔重复，除了列车长和柯莱尔这些老朋友之外，铁郎还认识了电子精灵嘉农和小猫阿咪。他们为了与宇宙的黑暗支配者抗争，一同踏上了新的旅程。 通过太阳系后，999号朝着下一站行星泰克诺罗吉亚驶去。不料由于途中发生轨道异常，列车只得紧急停靠在了小行星百年灵萤火虫上。黑暗支配者的手下女骑士赫尔美莎丽亚坐着战舰突然出现。为了不连累小行星上的少女伊赛尔，大家决定次日就出发。然而，就在列车驶离小行星的刹那，小行星在赫尔美莎丽亚的攻击下发生了大爆炸。紧追不舍的赫尔美莎丽亚被哈洛克舰长所阻挡，双方展开了炮击战。999趁乱逃了出来，他们面临着更强大的敌人和前途难测的旅程…… 本片为《银河铁道999》第三部剧场版动画。