Tombé en disgrâce, l'agent secret britannique Johnny English s'est réfugié dans un monastère tibétain en rêvant de reprendre du service. Son souhait est sur le point de se réaliser lorsqu'on ses supérieurs font appel à lui pour une dangereuse mission. Le premier ministre chinois est menacé de mort et un seul homme peut faire toute la lumière sur ce complot d'envergure internationale. Au fil de son enquête, l'espion aux méthodes très peu orthodoxes découvre que la compagnie Vortex se trouve derrière cette conspiration. Pour l'arrêter, il devra mettre la main sur trois clés, ce qui obligera une taupe à se dévoiler.