宮藤芳佳在摧毀涅洛伊巢穴的戰鬥中失去了魔力。 501部隊解散後，她回到家鄉扶桑，久違地過上了平靜的生活，但在前上司坂本等人的安排下，她決定出國留學，去歐洲的一所醫學院學習。 宮藤與坂本在海軍學院的學生服部静夏再次前往歐洲。 同時，前501部隊的成員分散在各地，過著各自的生活，但在宮藤返回歐洲並出現新的尼羅伊跡象後，他們又開始聚集。 這時，強大的涅洛伊出現在正在歐洲旅行的宮藤和静夏面前，宮藤陷入了有史以來最大的危機。 原501部隊成員能否安全營救宮藤等人？！