ある土曜日、のどかがちゆ、ひなたと宿題を終わらせた後に花見に出かけようとすると、「明日」をつかさどる精霊ミラクルンが「昨日」をつかさどる精霊リフレインに追われているのを見かける。のどかたちはプリキュアとなってミラクルンを助けようと戦い、HUGっと!プリキュア・スター☆トゥインクルプリキュアの協力もあって何とか危機を脱する。

しかし、「永遠に明日がこない世界」にしようともくろむリフレインの力によって時間が巻き戻ってしまい、のどかたちは永遠に「明日」が来ない、「今日」を繰り返す世界に閉じ込められてしまう。のどかたちは協力し合ってミラクルンを守り、「明日」に進むため奮闘することになる。