为了挽救被毁灭的未来，帕拉杜克斯从未来回到过去并企图改变历史，借着杀死贝卡斯，让战斗怪兽的历史被抹灭，他穿越时空夺走各个时代的最强之龙，其中包括游星的星尘龙。游星借助红龙的力量，也回到了过去，找到了游城十代，并回到童实野市找到了武藤游戏，三代决斗王组合，与帕拉杜克斯决斗，三代决斗王该如何进行一场前所未有的决斗，阻止这场悲剧发生呢？

以決鬥守護新童實野市的不動遊星，被為了毀滅世界從未來而來的神秘男子・帕拉杜克斯將自己的王牌怪獸星塵龍奪走。接著遊星進行時間旅行，來到能使用卡片精靈之力的遊城十代的所在。遊星在這裡得知事件的真相。那個真相究竟是？為了追趕帕拉杜克斯，來到傳說的決鬥者・武藤遊戲時代的遊星，跟十代與遊戲相遇，誓言合力一戰。為了拯救世界，也為了奪回遊星的星塵龍，遊戲・十代・遊星和帕拉杜克斯展開壯烈的決鬥！

미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유성의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 시공을 초월해 듀얼리스트들과 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해, 그리고 빼앗긴 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 시공을 초월해 주다이를 만난 유성은 역사를 뒤바꾸려고 하는 패러독스의 음모를 알게 되고, 전설의 듀얼리스트 ‘유희’의 시대로까지 거슬러간 그를 쫓아간다. 마침내 유희의 시대에 함께 모인 유성과 주다이는 세계를 구하기 위해서, 그리고 유성의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 함께 힘을 모아 패러독스와의 최강의 듀얼을 시작하는데…

Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…

After falling through a time-slip, Yusei Fudo (who has just had his powerful card stolen by a mysterious stranger) meets with Jaden Yuki and Yugi Muto, who agree to help Yusei defeat the evil Paradox, who is planning to destroy Pegasus before he can invent Duel Monsters.

In questo film i tre protagonisti delle serie di animazione, Yugi Mutō, Jaden Yuki e Yusei Fudo si ritrovano insieme a causa di un paradosso dimensionale. L'avversario da battere si chiama Paradox e usa le versioni "Malefiche" delle carte più famose delle tre serie.

No futuro, o mundo encontra-se a beira da ruína e a civilização está próxima da extinção. Qualquer esperança de um amanhã melhor foi mascarada diante da incerteza da escuridão. Um homem, no entanto, acredita que pode fazer algo para resolver isso. Um mascarado, conhecido como Paradox, deseja eliminar o flagelo que ele considera responsável por trazer ao mundo a corrupção (o jogo de cartas Duel Monsters). Paradox está determinado a erradicar essa ameaça perigosa da história, mas em seu caminho estão três duelistas lendários que farão o que for necessário para salvar o que está na linha do tempo, seus amigos, sua família e o jogo que eles amam. Pela primeira vez, Yugi, Judai e Yusei irão se unir e lutar com todo o coração no duelo que vai decidir o passado, presente e futuro!

Después de caer por un momento de deslizamiento, Yusei Fudo (que acaba de tener a su potente tarjeta robada por un misterioso extraño) se reúne con Judai Yuki y Yugi Muto, que están de acuerdo para ayudar a derrotar a Yusei la paradoja del mal, que tiene la intención de destruir a Pegasus antes de que puede inventar Duel Monsters.

Yusei Fudo (que acaba de tener su poderosa tarjeta robada por un desconocido misterioso) se encuentra con Jaden Yuki y Yugi Muto, quienes están de acuerdo en ayudar a Yusei a derrotar al malvado Paradox, que planea destruir a Pegaso antes de que él puede inventar monstruos de duelo.

Zum ersten Mal sind drei Yu-Gi-Oh!-Helden für ein gemeinsames Abenteuer vereint: Yusei Fudos mächtigste Karte, der Sternenstaubdrache, wird von Paradox, einem mysteriösen Duellanten aus der Zukunft, gestohlen! Das kann Yusei natürlich nicht akzeptieren und so verfolgt er Paradox bis in die Vergangenheit zurück. Hier trifft er auf Jaden Yuki, der seinerseits gerade von Paradox angegriffen wird. Gemeinsam reisen sie noch weiter in der Vergangenheit Paradox hinterher, der hier sein eigentliches Ziel erreichen will: Pegasus töten! Yusei und Jaden treffen in Domino City auf Yugi Moto. Gemeinsam stellen sich die drei größten Duellanten aller Zeiten ihrem Feind: Doch ist Paradox überhaupt noch zu stoppen, bevor ihre Vergangenheit aufhört zu existieren?

เมื่อ สตาร์ดัสท์ดราก้อน การ์ดประจำตัวของ ฟุโด ยูเซย์ ถูก พาราด็อกซ์ ศัตรูปริศนาจากอนาคต ช่วงชิงไป ยูเซย์ จึงหาทางย้อนเวลาเพื่อตามล่า พาราด็อกซ์ จนได้พบกับ ยูกิ จูได และดูเอลลิสท์ระดับตำนานผู้เป็นราชาแห่งเกม มุโต ยูกิ เหล่าดูเอลลิสท์ทั้งสามคนจึงได้เปิดฉากการต่อสู้อันดุเดือด ต่อกรกับ พาราด็อกซ์ เพื่อปกป้องมวลมนุษยชาติ

Paradox, egy jövõbõl származó illetõ a film fõgonosza. Azért született hogy vezesse és rombadöntse a világot. Yusei Fudo, (yugioh 5ds) szörnyét, a Csillagpor sárkányt, elrabolja Paradox. Az idõben képes utazni, így ér el Judai Yuki-hoz is (Yu-Gi-Oh! GX) a tehetséges elementál hõs párbajozóhoz. Ekkor tudja meg Yusei az igazságot, hogy mi is folyik valójában. Így õ is útrakel. Paradox nyomába erednek, aki már a legendás párbajozóhoz, Yugi Mutou-hoz tart (Yu-Gi-Oh! DM). Yusei és Judai találkoznak Yugival, és egyességet kötnek hárman. Egyesítik erejüket és tehetségüket, hogy harcbaszálljanak Paradox ellen, és hogy ezzel megóvják a világot és visszaszerezzék Yusei Csillagpor Sárkányát. Nagy csata veszi tehát kezdetét a movie 3-ban, és a három nagy karakter is találkozik egy filmen belül.