2000年春假，在第一次冒險結束後的某一天，網際網路上出現了一個神秘的數碼蛋，數碼蛋孵出一隻神秘數碼獸（水母獸）之後便開始不斷吞食數據並迅速進化成（指爪獸），造成電腦網路世界的混亂。光子郎跑到太一家告知其事情，而太一也馬上聯絡各同伴，但此時此刻，美美在夏威夷，阿空在生太一的氣，阿丈在準備初中入學考試，小光則去同學的生日會，阿岳與大和遠在島根縣。這隻大量吃食數據資訊的數碼獸隨後進化成成長期的（哈哈獸），此時的亞古獸和甲蟲獸也進化至成熟期並出面迎戰，沒料到牠馬上超進化成完全體（地獄使者獸），成熟期的暴龍獸與比多獸不成對手，敗陣下來。然而阿岳與大和幾經波折終於找到可以上網的電腦以後與光子郎和太一會合，而亞古獸和加布獸也進行究極進化迎戰以成究極體的（迪亞波羅獸），正當形勢看好之時太一的電腦發生故障令戰鬥暴龍獸無法移動，鋼鐵加魯魯獸獨力難支落敗，隨後迪亞波羅獸入侵美國五角大廈電腦系統並朝向東京放出一枚攜帶核彈頭的LGM-118A維和者飛彈，設定十分鐘爆炸時限後不斷自我複製（只有真身攜有時鐘），已經遍體鱗傷的戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸雖打算再次苦撐應戰，但在面對複製超過一萬六千隻的迪亞波羅獸的全力攻擊下依然毫無還擊之力，在戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸已經奄奄一息的情況下，太一與大和化成電腦數據進入電腦世界，與自己的拍擋共同戰鬥，戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸合體成為奧米加獸，趕及在時限前把迪亞波羅獸全部的複製體和真身消滅，並成功阻止了核彈的爆炸。