Shelter raconte l'histoire de Rin, une jeune fille de 17 ans qui vit sa vie à l'intérieur d'une simulation futuriste complètement seule dans une solitude infinie et magnifique. Chaque jour, Rin se réveille dans la réalité virtuelle et utilise une tablette qui contrôle la simulation pour se créer un monde nouveau, différent et magnifique. Jusqu'au jour où tout change et Rin découvre les véritables origines de sa vie dans une simulation.