野球界のスター選手、サトウ・ケンのもう一つの姿、それは地球を守るスーパーヒーロー「ウルトラマン」。その役割を担うべく、ケンは帰国して日本球界の一員として、試合に臨む。しかし、突如出現した強大な怪獣ジャイガントロンによって平和な日常は破られるのだった。ケンはウルトラマンとなって戦いに挑むが、迫りくる怪獣の攻撃は激化する。そんな中、ケンは、「宿敵」の子である“赤ちゃん怪獣”の世話を任せられるという、思いもよらない事態に陥る。そして、新米パパとして奮闘しながら、疎遠になっていた父親のとの関係や「ウルトラマン」であることの本当の意味と向き合うことになるのだった…。