Filmová dráma Amen. splieta dva príbehy: skutočné postavy - poručíka SS Kurta Gersteina, ktorý na vlastné oči, ako jeden z prvých videl vyhladzovanie Židov v koncentračných táboroch Belzec a Treblinka, a teatrálny svet temných tieňov Vatikánu a ich diplomatických hier. Tieto dva príbehy sú spojené fiktívnou postavou mladého jezuitského kňaza Fontana, ktorý sa snaží sprostredkovať poznatky a svedectvo Vatikánu tak, aby mohol Svätý Otec verejne deklarovať postoj cirkvi k židovskej genocíde.

Hlavnou otázkou filmu je, či a za akých podmienok mal pápež verejne protestovať, či sa mal schovať za to, že sa bál represií voči katolíkom v okupovaných krajinách? Mal právo zostať v tieni svojej neutrality v snahe chrániť ich? Jedna z hlavných postáv filmu dáva kľúč k tejto záhade: "Pred vojnou sme mali pápeža vojny (Pius XII.). Po jeho smrti sme zvolili pápeža mieru, ale začala vojna! "