Devenu adolescent, Jesse a repris sa vie avec ses parents adoptifs, commence à reluquer les filles et doit composer avec son demi-frère turbulent, Elvis. Jamais il ne croyait revoir Willy. Mais au cours de vacances sur la côte ouest du Pacifique, Jesse fait la connaissance d'une fille spéciale et retrouve Willy et sa famille.

Mais lorsqu'un pétrolier s'échoue et déverse du pétrole dans le port, les baleines sont prisonnières - et le danger devient extrême quand le pétrole s'enflamme. Les retrouvailles de Jesse et Willy deviennent rapidement une course effrénée à la survie. S'il espère sauver la famille de Willy, Jesse doit affronter une mer de feu... et espérer que Willy sera là pour le sauver à son tour.