Stones of power are given to some chosen fighters, who are being trained by a master to defeat the master's darker tendencies of destroying humanity. The fighters do not necessarily get along even as the world heads toward peril.

Im 21. Jahrhundert liegt der größte Teil von Tokio in Schutt und Asche, verursacht durch ein vernichtendes Erdbeben. Der Grund der Katastrophe war Shizuru Oosaki – ein Mann, der sehr viel Macht besitzt und deswegen größenwahnsinnig wurde. Seit diesem Unglück kommt es zu großem Aufruhr im ganzen Land. Verschiedene Personen kommen in den Besitz von sogenannten »Caizer Stones«, die ihnen übermenschliche Fähigkeiten verleihen. Nun ist Shizuru Oosaki kurz davor, wiederum seinen Verstand zu verlieren. Doch dieses Mal könnte es das Ende der Welt bedeuten. Können Gowcaizer und die restlichen Personen mit übernatürlichen Kräften Shizuru stoppen und so die drohende Vernichtung der gesamten Menschheit abwenden?