Рантаро е роден в семейство на посредствени нинджи. Родителите му се надяват един ден той да стане елитна нинджа и семейството му да се гордее с него. Рантаро оправдава очакванията на родителите си и влиза в Нинджа Академия. В академията той става приятел с Шинбей (Фута Кимура), син на заможно семейство и Киримару (Рой Хаяши), който е загубил баща си във войната. Студентите в академията се наричат Нинтама - което означава бъдещи нинджи. Рантаро и приятелите му се забавляват в академията, но имат затруднения с обучението си. Един ден се появява убиец, на име Юкитака Сайто (Такеши Кага) и неговия син, 4-ти курс в Нинджа Академията- Такамура (Такуя Мизогучи). Въпреки, че Юкитака Сайто ръководи собствен бизнес, в миналото с Такамура са били членове на Юсутаке нинджите. Юсутаке нинджите, получават задача да убият бащата и сина. Дали студентите от Нинджа Академията ще успеят да ги спасят?

The film stars Seishiro Kato as Rantaro who is sent to a ninja training school by his parents. During the summer, their teacher is invaded by a group of rival ninjas culminating in a race to ring a bell on top of a mountain.

战国时代，为了成长成为一名出色的忍者，贫民之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰）进入了一流的忍者学校忍术学园学习。就读于一年叶组（一年は组）的乱太郎结识了好吃贪睡的新兵卫（木村风太 饰）、干着多份兼职的孤儿雾丸（林辽威 饰）以及许多同龄好朋友。小忍蛋们每日的学习紧张有趣，搞怪不断。在第一年的暑假，四年叶组的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）和土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。由此引发了忍术学园和稗田八方斋（松方弘树 饰）率领的毒竹忍者队的大对抗。究竟谁能敲响打鸣寺的钟声？忍蛋和毒竹忍者的对决就此展开……

　　本片根据尼子骚兵卫连载长达26年之久的国民漫画《落第忍者乱太郎》改编。