Kid heeft zijn zinnen gezet op de 'Lady of the Sky', een juweel dat zich aan boord bevindt van het grootste luchtschip ter wereld, de Bell 3. Echter heeft een mysterieuze terroristische groepering, Red Siamese Cat genaamd, de Bell 3 gekaapt. Conan en zijn vrienden Kogoro en Ran zijn ook aan boord en doen er alles aan om te voorkomen dat de terroristen het luchtschip gebruiken voor een aanslag met een biologisch virus.