鈴木財團的顧問——鈴木次郎吉，終於完成了世界最大的飛行船「BELL TREE（「鈴木」之意）I世號」。這其實是他為了緝捕自認是競爭對手的怪盜基德，所安排的一場大規模計畫。他對怪盜基德下的戰帖是:「七天後，『BELL TREE I世號』將從東京出發到大阪，有本事就來把『天空的貴婦人』這顆大寶石給偷走吧。」 對於次郎吉的這項挑戰，基德也大膽地回覆「等抵達大阪上空後就會偷走」，這場以天空為舞台的對決也受到了世人的矚目。同時次郎吉也招待了名偵探毛利小五郎、毛利蘭、柯南、阿笠博士及少年偵探團的成員們搭乘這艘船。柯南等人究竟能否戰勝強大的怪盜基德並將他繩之以法呢？ 正當柯南與基德在這個廣闊天空作為舞台的頭腦戰場上一番較量時，神秘的武裝集團「紅暹羅貓」搶走了國立微生物研究所的恐怖細菌入侵船內，並挾持了飛行船。震撼全日本的這起劇場型劫機事件，讓關西地區一帶陷入恐慌！！船上的人們也接連受到細菌感染……