Francesco Scali inizia come comico per i piccoli teatri alternativi del circuito romano finché non viene notato da Federico Fellini che gli affida una piccola parte in E la nave va (1984). Da allora Francesco Scali inizia a lavorare in pellicole come Dagobert di Dino Risi (1984), Il nome della rosa di Jean-Jacques Annaud (1986), Momo di Johannes Schaaf (1986). Sempre in quel periodo fa il suo debutto televisivo: nel 1985, infatti, lo vuole Renzo Arbore nella trasmissione Quelli della notte, nel ruolo di un facchino.

È uno dei protagonisti del video della canzone Due destini dei Tiromancino.

Dal 2000 è interprete fisso di tutte le dieci stagioni finora realizzate della serie televisiva di Rai Uno Don Matteo, nel ruolo del sagrestano Pippo.

In televisione è apparso insieme con Nino Frassica alla trasmissione Colorado Café live su Italia 1, in cui ha interpretato il vicecapocomico Carlo Scacchi. In passato (dal 1988 al 1990) aveva fatto parte del cast fisso della trasmissione Europa Europa condotta da Elisabetta Gardini.

Sempre insieme a Frassica, nel 2010 partecipa al varietà di Rai 1 I migliori anni (condotto da Carlo Conti), in cui interpreta il personaggio dell'aspirante cantautore Gianfranco Padda, e dal 2011 partecipa al programma radiofonico Meno male che c'è Radiodue, condotto da Nino Frassica e Simone Cristicchi; nel 2015 affianca nuovamente Frassica a Radio 2 nel Programmone e a Rai 2 in Stracult, ancora con Frassica e con Andrea Delogu.

Nel 2016 interpreta ancora il sagrestano Pippo a fianco di Simone Montedoro e Nino Frassica nello spin-off di Don Matteo 10, Complimenti per la connessione.