Margot Ebert wuchs in Hamburg auf. Eines ihrer ersten Engagements hatte sie auf der Bühne in Erfurt. Sie wurde 1952 eine der ersten Sprecherinnen des neu gegründeten Deutschen Fernsehfunks (DFF) und wirkte in vielen Sendungen des Adlershofer Fernsehens der DDR mit. Von dessen Zuschauern wurde sie mehrfach zum Fernsehliebling gewählt.

Besondere Beliebtheit erlangte sie durch die Sendereihe Zwischen Frühstück und Gänsebraten, die von 1957 bis 1991 am ersten Weihnachtsfeiertag im Vormittagsprogramm des DDR-Fernsehens lief, und welche Ebert gemeinsam mit Heinz Quermann moderierte. Populär war sie auch durch ihre Mitwirkung in der Lustspiel-Reihe Maxe Baumann.

Margot Ebert war bis zu dessen Tod 1994 mit dem Schauspieler Wilfried Ortmann verheiratet. Sie lebte bis zuletzt in Berlin, wo sie sich am 26. Juni 2009 das Leben nahm. Ihre Urne wurde am 24. Juli 2009 auf dem Evangelischen Friedhof Berlin-Friedrichshagen beigesetzt.