Nach ihrem Abitur am Ernst-Sigle-Gymnasium in Kornwestheim studierte Bettina Kupfer Anglistik, Germanistik und Philosophie und schloss eine Schauspielausbildung an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Stuttgart mit Diplom ab. Sie war u.a. am Staatstheater Stuttgart, an den Städtischen Bühnen Nürnberg, am Düsseldorfer Schauspielhaus und am Basler Stadttheater engagiert, ehe ihr mit ihrer Rolle der Regina Perlman in "Schindlers Liste" der Durchbruch im Bereich Film- und Fernsehen gelang.

1995 erhielt sie für ihre Rolle in Das Wunschkind den Bayerischen Fernsehpreis als „Beste Darstellerin“. Neben ihrer Tätigkeit als Schauspielerin absolvierte Bettina Kupfer ein Studium der Psychologie, das sie 2013 mit einem MA Psychologie an der IPU Berlin abschloss. Sie verfasst zusammen mit ihrem Ehemann Arend Agthe Drehbücher und Kinderbücher.

Eine Hauptrolle spielte sie in der Hauptabendserie Drei mit Herz (ARD/RB). Sie war bislang in Gastrollen in zahlreichen Fernsehserien zu sehen, unter anderem in Wolffs Revier und Ein Fall für Zwei. In der Fernsehserie "Girl friends – Freundschaft mit Herz" spielte Bettina Kupfer von 1996 bis 1997 in 26 Folgen die Sekretärin Daniela Holm.

Seit 2013 ist sie zusammen mit Arend Agthe Gesellschafterin der Mimi & Crow Filmproduktion OHG. Diese produzierte den Kinofilm "Rettet Raffi!" nach dem gemeinsam mit Arend Agthe geschriebenen Drehbuch. Bettina Kupfer ist Produzentin, Autorin und Schauspielerin für den Film. Der Film läuft auf Filmfestivals weltweit und ist bundesweit in den deutschen Kinos zu sehen. Er erhielt Publikumspreise in München und in Nürnberg.