En 1983, il a commencé une formation de trois ans et demi comme acteur à la Westfälische Schauspielschule de Bochum. Des engagements au Schauspielhaus Bochum, au Theater Dortmund, au Theater des Westens à Berlin, au Theater am Goetheplatz à Brême et au Schauspiel Köln ont suivi. En plus de son travail sur scène, Jürgens a participé à de nombreuses productions télévisées et cinématographiques nationales et internationales.

En 1993, il a été membre fondateur de l'émission humoristique RTL Samstag Nacht, qui a été diffusée pendant cinq ans. Par la suite, il a incarné le commissaire des Tatort de Berlin, Robert Hellmann, dans six épisodes.

En 2002, il a sorti son premier album solo Langstreckenlauf en tant que musicien. Depuis, il a sorti d'autres albums.

Depuis 2007, il joue le rôle du major Carl Ribarski dans la série policière SOKO Donau de l'ORF/ZDF (en Allemagne : SOKO Wien).

En 2010, Jürgens s'est produit sur scène au Hamburger Kammerspiele avec la pièce solo Seitenwechsel, qui traite de l'homophobie dans le monde du football.

Stefan Jürgens a quatre enfants. Il vit à Berlin et à Vienne.