とある田舎の静かな村、そこでは家畜が次々と変死する奇妙な事件が頻発していた。事件を解決するため東京から呼ばれたオカルト専門の探偵・隠神は、村人たちから「泥田坊」と呼ばれている不思議な雰囲気の少年と出会う。

隠神に連れられて、東京にある彼の探偵事務所を訪れた夏羽はそこで自分と同じ、怪物の子供である織と晶に出会う。「怪物屋」としての彼らの仕事を知るため、急遽舞い込んだ依頼の調査に夏羽も同行することになるが―。

警察に強大な権力を持つ狐の怪物・飯生に会うため警察署を訪れることになった夏羽・織・晶の三人。そんな彼らの前に紺という少女が現れる。一方、当の飯生は夏羽の持つ「命結石」にただならぬ興味を示していた。

夜野という男からの依頼で彼の恋路を応援することになった夏羽と織。さらに、夏羽の首を狙う紺もなぜか調査に同行することに―。しかし、夜野が恋した相手の女性はどうやら訳アリのようで…。

ミハイの一計により危険な任務に赴くことになった夏羽と織と晶。三人が調査のため潜入した企業は蚊婆（かのんば）という怪物の三姉妹に牛耳られていた。潜入がバレ、戦わざるをえない状況に追い込まれる夏羽たちだが、そのとき織に異変が―。

織の両親の手がかりを求めて彼の生まれ故郷である錦糸郷に赴くことになった夏羽たちは、そこで織の叔父・蓼丸昭夫と落ち会う。昭夫から両親の話を聞いた織にかける言葉がみつからない夏羽と晶。そこへ、飯生の部下だという狐の少年・野火丸が現れる。

自分の母を苦しめた相手を追い詰める織。だが、あと一歩のところで怪物の群れに襲われ、逆に窮地に追い込まれてしまう。隠神たちと分断され敵に囲まれた夏羽と織は、二人で怪物の群れと対峙する。

怪物の診療も行う獣医の御花ばあさんの元を訪れた夏羽たちは、織とその家族を気にかけながらも隠神探偵事務所に戻り、新たな依頼に向かう。原宿で女性の顔のパーツが奪われる事件だというが、紺も同行することになり…。

些細ないざこざをきっかけに探偵事務所から家出した晶は、偶然、生き別れとなっていた兄の結と再会する。予期せぬ再会に晶は喜ぶが、結はどこか変な様子。故郷である雪の里での二人の過去が少しずつ紐解かれてゆく。

氷の城から晶を連れ戻そうとした夏羽たちは「零結石」を持つ結の力に一瞬にして足止めされてしまう。あまりの出来事にショックを受ける晶だが…。その頃、飯生と野火丸も「零結石」を手に入れるため密かに動き出していた。

「零結石」の力を使う結に苦戦を強いられる野火丸。そこへ加勢しに夏羽が駆けつける。野火丸の秘策で結の凍結能力を攻略した夏羽は死力を尽くして反撃を開始する。「零結石」を巡る戦いはついにクライマックスへ―！