2003년. 기생성 곰팡이 발생이 국가와 세계를 황폐화시키기 시작하면서 조엘은 점차 커지는 혼란에서 딸과 함께 벗어나려고 한다. 20년 후, 지금은 융통성이 없어진 조엘과 파트너 테스가 전체주의 정권 아래 생존하기 위해 싸우고, 폭동 반딧불이는 독특한 재능을 가진 십대 소녀를 품고 있다.

QZ를 탈출한 후 조엘과 테스는 오랫동안 버려진 보스턴의 폐허를 탐색하던중 엘리의 운명을 놓고 충돌하게 된다.

종말의 날을 준비하는 빌은 홀로 죽음을 맞이할 준비를 하는데... 갑자기 나타난 수수께끼의 낯선 사람이 그의 계획을 뒤엎어버린다. 몇 년 후, 조엘과 엘리는 빌의 편지를 발견하고 선택의 기로에 서게 된다.

캔자스시티에서 차량을 버린 조엘과 엘리는 복수심에 불타는 반군 지도자에게 들키지 않도록 탈출을 시도하는데…

반란군을 피해 도망치던 조엘과 엘리는 캔자스시티에서 지명 수배된 남자와 마주친다. 캐슬린은 계속해서 그들을 찾는데…

현지인들의 조언을 무시한채 조엘과 엘리는 파이어플라이와 토미를 찾아 위험한 지역으로 더 깊숙이 들어가는데…

조엘이 살아남기 위해 고군분투하는 동안 엘리는 그를 구하기 위해 고군분투하며 페드라 고아원에서의 기억을 떠올리게 된다. 조엘을 만나기 몇 주 전, 엘리는 가장 친한 친구 라일리와 함께 기억에 남을 밤을 보냈던 일을 떠올리며 두 사람의 삶과 세상의 운명을 영원히 바꾸게 될 그날을 떠올리는데...

엘리는 복수심에 불타는 생존자 무리와 마주치게 되고, 그 무리의 지도자의 관심을 끌게 된다. 약해진 조엘은 새로운 위협에 직면하게 되는데...

감연자에게 쫓긴 후, 임신한 안나는 평생의 친구를 믿고 의지한다. 몇 년 후, 엘리는 여정의 감정적 피해와 씨름해야 하는 반면, 조엘은 자신만의 끔찍한 결정에 직면하고 마는데...