마물들의 활동이 활발해지고 범죄의 증가로 민간인의 중화기류 소지가 금지되면서 제국군의 영향력이 한창 강해지던 때 제국의 군인이 된 청년 레오카디오. 그는 처음 부대로 가는 도중에 항구의 창고에서 이누마엘이라는 청년을 도와 짐을 옮긴다. 그곳에 쌓여있던 두 개의 짐. 그 내용물이 둘의 운명, 그리고 제국의 역사를 격변시킬 것이라는 것을 모르는 채로, 이누마엘과 레오카디오는 악수를 나누고 헤어져 각자의 길을 다시 걸어가는데.

자신의 의도와는 관계없이 이누마엘은 중화기 위법 소지에 탈옥, 거기에 살인까지 저지르면서 제국군에게 쫓기는 몸이 된다. 상황에 휩쓸려 밀수 조직 헤드 키퍼의 아르놀트가 이끄는 팀과 같이 행동하게 된 그는 조직의 거점이 있는 지역으로 간다. 한편, 눈앞에서 죽마고우인 자이츠를 잃은 레오카디오는 제국 군인으로서 지명수배된 헤드 키퍼의 행방을 쫓는데.

이누마엘의 기지로 헤드 키퍼의 멤버들은 잠복해 있던 도시에서 무사히 탈출하여 제국의 추격에서 벗어난다. 그들은 후원자가 있는 구트하일령으로 향하던 도중 마물의 위협에 노출된 마을에서 실종된 여자아이 찾기를 돕는다. 한편, 제국 수도에서 첩보활동을 하던 헤드 키퍼의 멤버 엘프리데는 제국 의회에 침입한다. 그리고 그곳에서 조직 내부에 숨어있는 제국 의원과 관련된 내통자 존재와 수상한 자금의 흐름을 알게 된 그녀는 그에 관해 더 자세히 조사를 진행하려고 하는데.

헤르만의 지시로 레오카디오는 이누마엘이 여동생 시셀이 살고 있는 마을을 방문한다. 그리고 이누마엘이 저지른 죄를 설명하고 그녀를 제도로 연행한다. 그때 엘프리데는 헤드 키퍼에서 제국 의회로 흘러들어간 자금에 대해 조사하기 위해서 어느 폐쇄된 병원에 잠입한다. 그 안에 위치한 연구소에서 그녀는 자금의 행방과 제국 전체의 위협이 될 마물에 관한 자료를 발견하게 되는데.

'민중의 대변자' 마리 바르트 의원의 요청으로 제국군은 민중에게 무기를 공급하는 헤드 키퍼 일제 검거 작전을 실행하기로 한다. 그런 와중에 조직의 지부장에게서 다음 행동에 대한 지시를 받기 위해 구트하일령을 방문한 아르놀트 일행. 이누마엘은 지부장에게 줄 선물을 사러 가고 샤아케는 어떤 물건을 찾기 위해 구트하일령을 다스리는 아버지가 기다리고 있는 자신의 본가로 향하는데.

'빛'을 이용한 인체 실험으로 탄생한 다수의 몬스터. 그 이형의 존재가 폐쇄된 병원의 지하에서 탈출해서 헤드 키퍼를 포획하는 작전을 수행하던 제국군과 도시의 사람들을 습격한다. 각지에서 혼란이 커지던 와중에 이누마엘은 동료 이르마와 함께 서둘러 도시에서 탈출한다. 하지만 두 사람이 겨우 도착한 교외의 출입 금지 구역으로 헤르만 부대와 몬스터로 변한 엘프리데가 그들을 쫓아오는데.

헤드 키퍼 포획 작전을 지시한 마리 바르트 의원은 제도의 대혼란에도 아랑곳하지 않고 황제로부터 신도 픽치온의 모든 정무를 명령받는다. 한편, 프리렌의 불꽃의 위협에 둘러싸인 지하에서 탈출하려던 이누마엘과 콘라트는 시셀을 인질로 잡은 헤르만과 조우한다. 그리고 엘프리데가 난입하면서 이누마엘과 제국군, 몬스터의 사투가 시작되는데.

샤아케와 레오카디오의 협력으로 엘프리데와 헤르만의 위협에서 벗어난 이누마엘. 제정신이 돌아온 엘프리데에게서 일련의 사건과 관련된 전언을 부탁받은 그는 헤드 키퍼의 멤버들과 함께 신도로 가서, 성기사 게오르그 에스테르하지 백작에게 면회를 신청한다. 그때 잠깐 동안 헤드 키퍼와 교류하면서 제국에 대해 의문을 품게 된 레오카디오는 뇌화병에 관한 조사를 시작하는데.

제도 중앙구를 둘러싼 탑의 건설과 프리렌의 불꽃의 활성화, 신도로의 환도 계획. 모든 일에 깊게 관여하고 있는 마리 바르트 상급 의원. 그녀가 반 황제파의 중심인물임을 말하는 게오르그는 이누마엘 일행에게 마리 바르트의 반역 증거와 '빛'을 유인하는 장치의 확보를 의뢰한다. 같은 시간 레오카디오는 기밀 정보를 위법 취득한 죄로 감옥에 있었다. 그곳 지하의 어느 독방에는 샤아케의 어머니 미네르바가 갇혀 있었는데.

미네르바로부터 루미너스 종자를 제도 밖으로 가지고 나가 달라는 의뢰를 받은 레오카디오. 그는 몬스터로 변한 헤르만의 맹공에서 벗어나 감옥을 탈출하고 이누마엘 일행과 합류한다. 그리고 마리 바르트의 계획을 저지하기 위해 헤오카디오는 오리지널 루미너스 종자를 훔치기 위해 제국군 본부로 향한다. 이누마엘은 마리와 헤드 키퍼의 비리와 관련된 증거를 찾기 위해 약품 개발 기관에 잠입한다. 그러는 순간에도 이누마엘의 뇌화병은 착실히 진행되고 있었는데.

헤드 키퍼의 배신자 프리츠가 루미너스 종자를 발동시키면서 제도에 '빛'의 기둥이 내리 꽂힌다. 그 영향으로 거리는 폐허가 되고 몬스터의 출현으로 살아남은 사람들은 몬스터에게 습격당하기 시작한다. 그럼 위협을 제도와 함께 봉인하는 결계, '요람'이 발동하려는 중에 레오카디오는 몬스터로 변해가는 이누마엘과 대치한다. 둘이 마지막으로 나누는 대화는 어느 이야기의 끝 그리고 어느 이야기의 시작을 의미하고 있었는데.