因應魔物越發活躍與犯罪案件增加，議會決議通過禁止一般民眾持有重武裝備，使得帝國軍越發強勢，在這樣的情勢背景下，青年．雷奧加迪歐加入了帝國軍隊。他初次出勤當天前往兵營的途中，經過港口倉庫時，幫助一名叫伊曼諾爾的青年搬運了貨物。雷奧加迪歐與伊曼諾爾絲毫不知其中兩個木箱中裝載的貨物，將會徹底改變兩人的命運以及帝國歷史，握手道別後，踏上各自的道路。

伊曼諾爾在非自願的狀況下，接連犯下違法持有重武、逃獄、乃至殺人等重罪，成為帝國被追緝的對象之一。他在這陰錯陽差之間，只得順勢與走私組織領航者．阿諾德所率領的小隊一起行動，來到有組織據點的地方都市。另一方面，親眼目睹童年玩伴塞茲遭到殺害的雷奧加迪歐，以帝國軍人的身分開始追緝這群遭到通緝的領航者成員。

獲得伊曼諾爾的援助，領航者一行人得以從原本潛伏的都市安全脫身，逃離帝國的追擊。他們在前往有支援者在的古泰爾領地途中，因故協助被魔物威脅生活的村莊搜尋失蹤人口。同一時間，在帝都進行諜報活動的領航者成員．艾芙莉德入侵帝國議會，找到組織內部有與帝國議員往來的內賊，以及可疑的資金流向，再度進行更進一步的調查。

根據赫爾曼的指示，雷奧加迪歐來到伊曼諾爾的妹妹賽希兒居住的村莊。他向她說明伊曼諾爾犯下的罪刑，準備將她一起帶回帝都。同一時刻，艾芙莉德為了調查從領航者流入議會的資金，潛入了一間廢棄醫院。她在這間坐落醫院深處的研究所中發現了資金的去向，以及關於威脅全帝國上下的魔物的資料。

在被譽為「民眾代辯者」的瑪麗．巴爾特議員的要求下，帝國軍展開掃蕩領航者的作戰計畫。與此同時，阿諾德等人為了請示組織分部部長下一步該如何行動，而來到古泰爾領地。伊曼諾爾為了取得要送給分部部長的禮物前去採買，夏卡則為了尋找一樣東西，回到統治古泰爾領地的父親所在的老家。

在進行遷都計畫的瓦海特帝國首都中，有兩位少年，努力經營搬運工工作、個性有點膽小的伊曼諾爾，和剛加入帝國軍成為新人士兵、不諳世事的萊奧卡迪歐，一邊是心想著珍惜的妹妹，一邊是想著自己成為士兵後的生活，兩人都在帝都為了未來而努力生活著。然而另一方面，過去曾使得許多生物消滅的兇暴魔物所釋放的災厄『光』即將再度降臨的預言，使得帝都人心惶惶。

主導領航者捕獲計畫、無視帝都正陷入混亂的瑪麗．巴爾特議員，受領帝令掌管新都斐克濟恩的所有政務。另一方面，康萊和伊曼諾爾暴露在永凍之火的照射中，正試圖逃脫地下道的時候，遇上帶著希賽兒為人質的赫爾曼後不久，怪物化的艾芙莉德也跟著現身。伊曼諾爾、帝國軍與怪物展開了三方死鬥的局面。

伊曼諾爾在夏卡和雷奧加迪歐的幫助下，成功逃離魔化艾芙莉德和赫爾曼的魔掌。艾芙莉德恢復神智道出一連串事件皆有關聯，拜託他前去傳話，伊曼諾爾因此與領航者成員們一同前往新都，求見聖騎士蓋歐爾格．埃斯特哈齊伯爵。與此同時，雷奧加迪歐與領航者成員們有了短暫交流，令他開始對帝國方存疑，著手調查雷火病的內幕。

圍繞帝都中央區的高塔建設、魔物與永凍之火的活性化、新都遷都計畫......這些全都與瑪麗．巴爾特上議員有深刻的關係。蓋歐爾格聲稱她就是反皇帝派的中心人物,並委託伊曼諾爾一行人尋找瑪麗反叛的證據,以及尋回能誘導災禍之光的裝置原版。同一時刻,雷奧加迪歐因違法取得機密情報的罪名被送入監獄。而夏卡的母親米涅爾拜就被囚禁在那裡的地下單人牢房。

雷奧加迪歐接受米涅爾拜的委託，決定要將光種帶出帝都。他在逃離變成怪物的赫爾曼的猛攻後成功逃獄，與伊曼諾爾一行人會合，並為了阻止瑪麗．巴爾特的企圖，前往帝國軍總部奪取光種。伊曼諾爾則為了找出能證明瑪麗和領航者勾結的證據，潛入了藥品開發機構，然而無人知曉伊曼諾爾身上的雷火病其實越來越嚴重。

領航者的叛徒．弗列茲發動光種，『災禍之光』的光柱從天而降貫穿了帝都，市街成為廢墟，因光而出現的怪物們開始襲擊從光害中倖存的人們。就在為了將災禍連同帝都一同封印的結界裝置『搖籃』發動之時，雷奧加迪歐與逐漸變異成怪物的伊曼諾爾對峙。這兩人最後的對話，原來正意味著一個故事的終結，及另一個故事的開始。