누니언 싱 대위의 구조 요청을 받은 스팍은 동료를 돕기 위해 클링온과의 적대 행위가 재개될 위험을 무릅쓴 채 상부 명령을 어기고 U.S.S. 엔터프라이즈호와 승무원들을 분쟁 지역으로 데려간다.

우나 소령은 징역형과 불명예 제대 판결이 함께 내려질 것으로 예상되는 군법 회의에 회부되고, 이제는 사이가 틀어진 어릴 적 친구가 우나의 변호를 맡게 된다.

라안은 인류의 미래를 뒤바꿀 공격을 막기 위해 21세기 지구로 시간 여행을 하고 그곳에서 수많은 논란을 일으킨 과거의 유산을 만난다.

비극적인 사고가 발생했던 행성에 돌아온 파이크 선장과 상륙조는 과거의 유령과 마주하면서 자신들의 정체성을 비롯한 모든 기억을 잊어버린다.

우주정 사고로 외계인에 의해 벌컨 DNA가 제거되고 완전히 인간이 된 스팍. 전혀 준비되지 않은 상태에서 트프링의 가족과 중요한 의식 만찬을 치르는 상황을 맞닥뜨린다.

우후라에게만 들리는 이상한 소리가 끔찍한 환각을 유발하자, 뜻밖의 조력자가 그 소리의 근원을 찾을 수 있도록 우후라를 돕는다.

24세기에서 시간 포털을 조사하던 중 우연한 사고로 현시대에 온 브래드 보임러 소위. 파이크 선장과 승무원들은 그가 타임라인을 바꾸기 전에 어떻게든 원래 시간대로 돌려보내야 한다.

파이크 선장과 승무원들은 엔터프라이즈호에 탑승한 클링온 망명자를 환영하지만 그로 인해 충격적인 비밀들이 터져 나오기 시작한다.

실험 중 사고로 양자 불가능성 장이 생겨나고 U.S.S. 엔터프라이즈호 승무원 전원이 자신들의 의지와는 상관없이 노래로 의사소통하게 된다. 하지만 불가능성 장이 확장되어 동맹함과 적함에까지 영향을 미치기 시작하자 진짜 문제가 벌어진다.

U.S.S. 엔터프라이즈호의 파이크 선장과 승무원들은 연방 우주의 변방 식민지에 발생한 공격을 조사하던 중 막강한 적이 돌아왔다는 사실을 알게 된다.