絕地大師德帕·比拉巴領導複製人指揮官葛雷以及複製人士兵與戰鬥機器人交戰，由於寡不敵眾，他們等待比拉巴的學徒凱萊布·杜姆搬請援軍到來。援軍瑕疵小隊獵人、破壞者、技師、準星和回音趕到消滅機器人大軍。此時，葛雷接到第66號密令，與其他複製人士兵合力殺死比拉巴。凱萊布眼見師父遇難，不再相信複製人，獨自逃跑。獵人和準星前去追蹤凱萊布。準星認為應該執行上級命令，殺死犯有叛國罪的全部絕地武士。獵人則持有自己的看法，他放走了凱萊布，對準星以及其他複製人士兵謊稱凱萊布已經墜崖身亡。瑕疵小隊回到卡米諾星球，結識神秘女孩歐米茄。塔金上將為測試瑕疵小隊的忠誠度，安排他們前去奧德蘭星球執行一項任務。當瑕疵小隊發現他們需要殺死索·葛瑞拉和大量平民時，獵人選擇拒絕執行命令。為營救歐米茄，瑕疵小隊決定返回卡米諾星球，他們隨即與歐米茄被關押在一處。塔金上將對準星進行人體實驗。被改造後的準星開始效忠銀河帝國，與逃出牢籠的瑕疵小隊其他成員展開激戰。在歐米茄的幫助下，眾人駕駛「浩劫掠奪者號」戰鬥太空梭成功逃脫準星的追殺。獵人表示將率領眾人前去與老朋友會面。

瑕疵小隊和歐米茄來到薩魯卡米星球，與複製人逃兵卡特·勞昆會面。卡特告知獵人，複製人士兵體內安裝有「行為控制晶片」，因此接到第66號密令後，開始殺戮絕地武士。新建立的銀河帝國派遣大批帝國風暴兵陸續來到薩魯卡米，卡特決定與妻子蘇以及養女莎伊阿和養子傑克逃離此處。平民在搭乘大眾交通運輸工具時，需要向風暴兵出示「鍊碼」。卡特如果親自登記來獲取鍊碼，會被當場逮捕。獵人和回音設法竊取五枚鍊碼，在歐米茄的幫助下，將它們轉送給卡特及其家人，他們順利登上飛船。獵人認為歐米茄需要融入家庭，希望她帶著第五枚鍊碼跟著卡特離開。歐米茄在最後時刻下船，決定與瑕疵小隊在一起。眾人在風暴兵的火力攻擊下駕駛太空梭離開薩魯卡米。

瑕疵小隊在薩魯卡米星球與風暴兵交戰導致飛船受損，他們和歐米茄將飛船迫降至附近的衛星。奧多衛星龍偷走了飛船上的零件。獵人和歐米茄前去尋找零件，技師和其他人修理飛船。獵人被龍攻擊，他的面罩被打掉，獵人陷入昏迷。歐米茄幫他找回面罩。在獵人恢復神智期間，歐米茄獨自繼續跟蹤龍，她進入龍的巢穴拿回零件。在卡米諾星球，塔金上將和蘭帕特副上將任命準星為一隊新招募士兵的首領，將他們派遣至奧德蘭星球。索·葛瑞拉已經從該星球撤退，準星命令士兵殺死逮捕的反抗軍戰士和平民，並殺死一名不願執行命令的新士兵。塔金意識到徵召兵的潛力。

瑕疵小隊在前往隱居地愛達弗洛星球（Idaflor）的途中遭遇物資短缺危機，被迫降落至潘托拉星球（Pantora）增添補給。為躲避銀河帝國的通緝，技師在此期間修改飛船的電子標記。回音裝扮成機器人，獵人將他賣給一名商人，換取「銀河信用點」購買物資。航天港的工作人員暗中將他們的行蹤告知雇傭兵芬妮克·尚德。尚德來到潘托拉，綁架歐米茄，企圖用她換取懸賞。獵人緊追其後救下歐米茄，將尚德擊下飛行器。回音帶著其他機器人逃出商店，用它們修復飛船。瑕疵小隊與歐米茄離開潘托拉。尚德來到航天港，仍舊把酬金付給她的線人。她決定繼續追捕歐米茄。

為了查明芬妮克·尚德的真實身份和幕後僱主，瑕疵小隊來到曼特爾兵站，尋找西德打探訊息。西德曾是絕地武士的線人。西德為得到赫特人賈霸的酬金，要求瑕疵小隊從奴隸販子齊格里亞人手中解救穆奇（Muchi），之後才會將關於尚德的訊息告知他們。瑕疵小隊在歐米茄的幫助下，擊退齊格里亞人，得知穆奇是一隻年幼的龍戈獸。他們將穆奇交給西德，赫特人賈霸的得力助手比布·福圖納前來帶走穆奇，並向西德支付酬金。西德把部分酬金送給獵人，並將尚德的真實身份告知獵人，但是她未從賞金獵人公會處打聽到尚德的幕後僱主。西德願意為瑕疵小隊提供更多的懸賞任務。

瑕疵小隊接受西德提供的任務，前往科瑞利亞星球的退役機器人銷毀站，取回分離勢力的戰術機器人。機器人內藏戰鬥情報。小隊在站內遭遇機器人守衛以及同樣追蹤而來的姐妹拉法·馬特茲和翠西·馬特茲。破壞者在戰鬥中不慎撞到頭盔，開始激發體內的行為控制晶片。技師與馬特茲姐妹對戰術機器人進行重新編程，控制尚未被銷毀的機器人與守衛交戰，瑕疵小隊和馬特茲姐妹趁機逃脫。戰術機器人被守衛摧毀。馬特茲姐妹告訴小隊，她們原計劃將戰術機器人交給與銀河帝國作戰的客戶。獵人把技師複製的數據副本送給馬特茲姐妹。馬特茲姐妹告訴她們的客戶聯繫瑕疵小隊的方法。

瑕疵小隊未能帶回戰術機器人中的數據，西德稱小隊需要執行更多的任務來償還債務。雷克斯上尉正是馬特茲姐妹的客戶，他來到曼特爾兵站與瑕疵小隊會合。雷克斯得知小隊成員尚未移除體內的行為控制晶片之後，他稱這些晶片就像是「定時炸彈」，隨時可能被激活。為移除晶片，眾人來到卜拉卡（Bracca）星球，這裡當前被廢品處理公會控制。眾人潛入一艘廢棄的絕地巡洋艦，開始使用醫療艙進行移除晶片的手術。此時，破壞者體內的晶片被激活，開始攻擊隊友和歐米茄。雷克斯製伏破壞者，他體內的晶片被成功移除。獵人、技師和回音體內的晶片也被移除。隨後，雷克斯獨立離開小隊。廢品處理公會的成員發現獵人的蹤跡。

瑕疵小隊甩掉準星的追擊，嘗試尋找歐米茄的下落。技師發現歐米茄是賞金獵人強格·費特唯二的未經改造的複製人之一，另一個為波巴·費特，因此歐米茄成為生產更多複製人的必要原材料來源。卡德·班恩帶著歐米茄來到卡米諾的一處廢舊工廠，等待與僱主完成交接。被關押起來的歐米茄欺騙班恩的服務機器人托多360，成功逃脫牢籠。拉瑪·蘇首相派遣來的助手湯·韋前來聯絡班恩。她同時命令娜拉·塞，計劃從歐米茄的體內提取基因樣本，然後消滅歐米茄。由於擔心歐米茄的安危，娜拉·塞再次派出賞金獵人芬妮克·尚德營救歐米茄。尚德殺死前來接頭的湯·韋。歐米茄趁著尚德與班恩混戰之際，發出求救信號，聯絡到瑕疵小隊。瑕疵小隊成功營救出歐米茄。

拉克薩斯（Raxus）星球在此前的複製人戰爭期間是獨立星系聯邦的支持者，曾信奉分離主義。銀河帝國企圖在拉克薩斯星球推行新的宵禁法，要求當地的參議員阿維·辛格將此法律公示於民眾。辛格在公共場合出聲反對帝國的統治。帝國的軍官布拉格上尉命令下屬將辛格逮捕。辛格的守護機器人GS-8向西德發出求救訊息，西德派出瑕疵小隊前往營救。瑕疵小隊雖然不願意幫助分離勢力，但是為了清償債務，最終接受了任務。由於歐米茄已經被多名賞金獵人盯上，獵人決定將歐米茄留在西德的店中。在GS-8的幫助下，瑕疵小隊成功將阿維·辛格營救出來。擅長策略的歐米茄幫助西德贏下多盤異獸全息戰棋，清償了瑕疵小隊欠下的債務。

奧恩·弗里·塔參議員向民眾宣布在賴洛思星球為銀河帝國建立新的精煉廠，並鼓勵賴洛思星球上的提列克人與帝國合作，上交武器。抵抗運動的首領查姆·仙杜拉並不十分讚成奧恩·弗里·塔的做法。戈比·格利帶著姪女希娜·仙杜拉與瑕疵小隊接頭，取回新武器。希娜在此過程中結識歐米茄。他們的行蹤被準星和帝國官員發現。格利返回賴洛思後，被帝國以叛國罪名逮捕。查姆和妻子埃萊妮帶領自由戰士襲擊帝國車隊，嘗試營救格利。準星射殺奧恩·弗里·塔，栽贓給查姆。查姆、埃萊妮和格利被帝國逮捕，希娜趁亂逃脫。

希娜聯繫到歐米茄，向瑕疵小隊求援，請求他們回到賴洛思星球營救自己的父母。獵人起初表示不值得去冒險執行這項任務，歐米茄說服他與希娜會面。歐米茄想出營救方案，她與希娜、技師和破壞者佯攻精煉廠，調走帝國風暴兵，獵人和回音趁機救出希娜的父母查姆和埃萊妮以及其他的自由戰士。準星發現了瑕疵小隊的蹤跡，設下陷阱準備抓捕他們。內心仍效忠於查姆的豪澤上尉向獵人等眾人指明另一條逃跑路徑。獵人等眾人駕駛飛船逃離賴洛思星球。豪澤上尉和效忠於豪澤的士兵被帝國逮捕。蘭帕特副上將意識到自己低估了瑕疵小隊的能力，批准準星追捕他們。

西德被犯罪集團首領羅蘭·杜蘭德（Roland Durand）趕出店鋪。瑕疵小隊返回曼特爾兵站，在歐米茄的支持下，他們同意幫助西德奪回店鋪。西德計劃從羅蘭手中偷走一批香料，這些香料原是羅蘭給予走私犯罪組織派克辛迪加（Pyke Syndicate）的酬勞。瑕疵小隊和西德通過地下隧道秘密進入店鋪，拿到香料。返回途中他們遭遇羅蘭手下士兵的追擊，雙方展開激戰。戰鬥聲驚動了穴居在此處的多隻大型類昆蟲飛行生物厄林斯（Irlings），它們開始發起攻擊。瑕疵小隊和西德撤出隧道，香料被厄林斯帶走。派克人將歐米茄扣押為人質，瑕疵小隊幫助派克人取回香料。派克人放走羅蘭，並將店鋪還給西德。

瑕疵小隊接到雷克斯上尉的任務，前去達羅（Daro）星球營救複製人突擊隊的格里高爾上尉。獵人、技師和回音跟蹤格里高爾被捕前發出的求救信號，發現隱藏在森林之中的銀河帝國秘密基地。帝國正在此處訓練徵募的士兵，計劃取代複製人軍隊。獵人、技師和回音潛入基地救出格里高爾，破壞者和歐米茄留在飛船上作為後援。在卡米諾星球，銀河帝國停止製造複製人軍隊。拉瑪·蘇和娜拉·塞暗中籌劃逃離卡米諾，被蘭帕特副上將抓獲。獵人等眾人逃離基地時觸發警報，大批帝國風暴兵前來圍堵他們。獵人跌入森林，被帝國風暴兵包圍，他在被逮捕之前要求其餘眾人乘坐飛船離開達羅。

獵人被準星帶至卡米諾星球的提波卡城（Tipoca City）。銀河帝國已將大多數關鍵人員調出卡米諾，並清除剩餘人員。準星設下陷阱，激活獵人的通訊設備，引誘其他的瑕疵小隊成員前來營救獵人。歐米茄找到隱藏在海底的秘密通道，進入娜拉·塞的實驗室。歐米茄稱包括自己和瑕疵小隊在內的複製人均是在此實驗室內製造。眾人發現躲藏在此處的機器人AZI-3。破壞者、技師和回音進入訓練室，與獵人和準星會面。獵人試圖說服準星重新加入小隊，稱他現在的行為受到體內植入的「行為控制晶片」影響。準星表示自己早已移除晶片，效忠銀河帝國是出自本心。獵人擊暈準星，準備帶著他一起逃離卡米諾。此時，塔金上將命令屬下集中火力摧毀提波卡城，瑕疵小隊的眾人被困於城中。

提波卡城被徹底摧毀，沉入海底。塔金上將率領部隊離開卡米諾。瑕疵小隊的眾人在城市完全沉沒之前開始逃離。歐米茄和機器人AZI-3從淹水的房間中救出準星。瑕疵小隊前往海底的秘密通道，發現這條通道已經被損壞。AZI-3建議眾人乘坐實驗室內的膠囊艙浮出水面。AZI-3在上升過程中電力耗盡，墜入海底。歐米茄離開膠囊艙，冒著溺水的危險解救AZI-3。準星在水面上的船中使用繩索將歐米茄和AZI-3打撈上船。得救之後，準星再次選擇與瑕疵小隊的其他成員分道揚鑣。與此同時，銀河帝國將娜拉·塞帶至一處實驗基地。