隋朝末年，天下大乱，人人拥兵自立，出现了以李渊为首和以王世充为首的唐、郑两大政权。李世民奉唐高祖李渊之命，以统一中原为职志，出兵征讨郑国。唐、郑两国开战，郑国因得突厥兵助而将唐军逼得截截倒退，李世民死守城池渐至饷尽粮绝，派出的求救兵皆被郑军杀害，李世民遂以信鸽对少林寺求援。

十三棍僧前来搭救李世民，趁夜偷袭郑国军营，和城内的唐兵里应外合，把郑军打得落花流水，但不幸的是昙宗大师却被秃鹰下毒手杀害，李世民和棍僧们都悲恸不已。昙宗师父临死之前叮嘱秦王要以民为重，造福众生。更托付觉远要让少林武功永远流传下去，并帮他好好照顾无瑕。

李世民回想到唐初开国时，唐高祖李渊立太子、齐王，并封自己为秦王——天策大将军。皇太子跟齐王心生妒忌，联手对付他。有一回皇太子、齐王、秦王在高祖面前比武较量，不料比武为虚，欲置秦王于死地是实，幸程咬金即时杀了齐王手下护主。秦王向高祖进谏郑国横征暴敛，民不聊生，如先派人渡河暗中鼓动郑国人民，到时唐军打过去就能来个里应外合，使郑军腹背受敌。偏偏太子跟齐王却主张急攻来排挤秦王。李渊为出征卜卦，卦师为太子收买，故卦象显示秦王克父，若带兵出征则大不吉；偏偏李世民在心情恶劣、胡乱挥刀下差点误伤李渊，李渊愤而对卦师之言深信不疑，废掉李世民天策将军之衔，并命他交出兵权，至此秦王已心灰意冷。太子强逼房大夫为他效命，暗中监视秦王，并胁迫房大夫劝李世民偷渡到郑国卧底，再暗中暴露秦王身分，想借王仁则之手杀害李世民。秦王果然接受房大夫之谏言，准备和房大夫乔装成百姓渡河。

李世民跟房德禄扮成平民偷渡到黄河对岸，想要一探郑国之虚实。消息传入王仁则耳中，下令全城搜查奸细。秦王跟房大夫被发现行踪，受到追捕，幸被村里行侠仗义的神腿张和他儿子小虎搭救，将他们藏匿于山洞中。但小虎父子却因此被王仁则怀疑而抓起来逼供，小虎身中两箭，神腿张为救儿子脱逃而遭王仁则乱刀砍死。房大夫落入王仁则的手中严刑拷打，李世民落水被打渔的兄妹救活，小虎负伤而逃却不支昏倒。

渔人兄妹救了李世民，将他带到少林寺安顿于明嵩师父那。小虎身负重伤爬到少林寺，被昙宗师父跟棍僧们救起，在棍僧们抓蛇捕蛙，以及牧羊女无瑕的羊奶、鸡蛋和昙宗师父、李世民的悉心照顾下，渐渐康复。

房大夫回到唐国后，力劝太子与秦王携手对敌，没想到太子疾恨之下加害于他。李世民无意间来到永泰庵，巧遇来庵寻母的浩泰公主，秦王惊鸿一瞥下倾心于她。小虎大病初愈，一醒来就惦记着为父报仇，欲拜昙宗为师，并请求少林方丈收留他。方丈答应暂时让小虎留寺作一名帮工。一日，觉远因救牧羊女无瑕过河而被其他和尚状告方丈。在觉远一番机灵的辩解下，方丈不但没有责罚他，反而有感觉远深具佛性，允昙宗择日为小虎剃度受戒，升为武僧。却在僧值的百般挑剔下，觉远只能做一名伙头僧，不能习武。觉远心有不甘，志操就偷偷教他练功。永泰庵的静涵师太是志操的娘，常给志操送菜饭，让觉远既羡慕又为自己的身世难过。李世民向静涵师太打听那位常苦守庵外的姑娘，知道她母亲——静宜师太不愿见她，遂决心帮助她。

浩泰在静涵师太善意的谎言跟李世民的帮助下终得以见到她母亲。浩泰感激李世民，两人初识之下都互有好感，但浩泰不愿透露她的真实身份，只留下化名丽娟。少林众武僧到溪边提水，传来无瑕牧羊的歌声，歌声甜美，回荡山谷，大伙儿都沉醉不已。无瑕看到小虎想偷懒，就命令她的牧羊犬——阿黄去咬他。没想到阿黄反被觉远弄死，还被明嵩师父跟李世民烤来吃。寺里正在念经打坐的武僧们个个闻香而至，在昙宗师父的带头下，大伙尽情地吃起狗肉来。觉远惭愧地拿着剩下的狗皮去找无瑕道歉，无瑕无法接受，愤而打觉远出气，并伤心地离开。

隔天武僧们到河边打水，却因听不到无瑕的歌声而个个垂头丧气。觉远心知无瑕正在气头上，便跑去找无瑕认错，但瑕仍不原谅。觉远因不忍见无瑕难过，请求菩萨宽恕，不料竟被僧值发现，将他带到戒律堂审问。正当觉远要被僧值逐出少林寺时，昙宗带着无瑕即时赶到，在无瑕的一番说情下，僧值不得不放了觉远。王世充带着浩泰公主来到少林寺作法事。觉远知道后报仇心切，但被昙宗师父阻止。李世民在郑国的队伍中赫然发现那位浩泰公主竟是他日思夜盼的丽娟；而浩泰也知道原来这位自己芳心暗许的无名香客竟是郑国的死对头李世民，两人满腹的情意顿时化为重重阻隔。王仁则在追查浩泰时被觉远拦住，声言要为父报仇，只是觉远的功夫还不到家，险些被王仁则给伤，幸明嵩师父即时搭救。谁知出手相助王仁则的秃鹰竟是自己失散多年的儿子——狗仔，一个不留神腹中秃鹰一刀。李世民跟浩泰万般不舍地别于永泰庵外，浩泰伤心至极，哭倒于静宜师太的怀中，静宜只有感叹造物弄人。

明嵩师父受伤后，觉远和李世民将他带回山上的小庙照顾。他们都很纳闷凭明嵩师父的武功，怎会被秃鹰所伤？明嵩师父遂娓娓道来他辛酸的往事。原来秃鹰是明嵩的亲生儿子狗仔，明嵩出家前是在卖狗肉维生的，狗仔不耻父亲挂羊头卖狗肉，一心只想当大将军。乡村的土豪鱼霸为了私利明争暗斗，渔民就成为他们中间的牺牲品。嫉恶如仇的明嵩决心为渔民们出这口气，于是扮成铁甲人将鱼霸们修理了一顿。没想到狗仔竟昧着良心出卖了父亲，母亲更因此被杀害，逼得明嵩师父只好逃往少林寺。如今明嵩感伤狗仔成了王仁则的帮凶，不知又要残害多少人家。

王仁则为了搜查朝廷叛徒，下令搜山，小虎和李世民只有带着受伤的明嵩师父逃离山上的小庙，藏匿于山洞中。无瑕为两人送饭，偏偏不给小虎鸡吃，小虎抢过肉来边吃边跑，不小心噎着了，不停地打嗝，无瑕就细心地喂他吃，两小无猜的甜蜜样，勾起李世民对浩泰的思念。为了助秦王脱逃，三人打扮成要去成亲的新娘、新郎跟喜婆，总算蒙混过官兵，李世民也在江中石兄妹的帮助下过河。觉远跟无瑕互生情愫，只是觉远心中老惦着报仇；看到正要离寺的王仁则，觉远奋不顾身地要冲去报仇，幸被无瑕敲昏。事后觉远却怪无瑕多管闲事，无瑕难过地离去。

程咬金四处找人帮忙写治国治军之道，最后找到了个才智过人，见识不凡的佟秀才——佟翰生。秦王看了佟替程写的文章后对他十分赏识，命程去把佟请回宫。但佟却遇上昏庸的南阳太守，与未婚妻燕娘被迫逃到河对岸的郑国。到了郑国不久却不幸碰上残暴的郑国士兵，奸杀了燕娘。无瑕借着与小虎聊天之际，向小虎暗示自己的心意，但小虎听了只避而不答。

佟翰生伤心之际，到少林落发出家。小虎受其刺激与指点，也终于立下决心出家学武。但此时却反被昙宗师反对。因为昙宗师父希望小虎能替他照顾他的亲生女儿——无瑕。小虎答应昙宗师父保守这个秘密，昙宗也答应偷教小虎武功。但小虎却在一次无意间说溜了嘴，无瑕听了又惊又怒，回家质问她娘，她娘才对她说出了事情的真相。

昙宗师父出家前乃郑国王世充手下的一名大将——严涛，因不满郑王的暴政，几番劝谏，得罪郑王，又受郑王心腹王仁则陷害，使得严家破人亡，妻子葬身火海，幸而救出襁褓中的女儿白无瑕，连夜负伤带着女儿逃到嵩山，被山下一对牧羊夫妇救活。之后严涛看破红尘，决意出家，遂把女儿送给这对夫妇，自己则到少林寺削发为僧。从此昙宗师父就担任少林寺武僧们的总教头,但仍心系女儿，不时暗中看望女儿。不知不觉无瑕也渐渐长大，看着女儿无忧无虑地放羊，昙宗师父也深感宽慰。

小胖向僧值告密昙宗偷教小虎武功，被僧值当场抓到。僧值罚小虎关在柴房里念心经。小虎心下不耐，觉得再待在少林也无用处，便偷偷离开少林。王仁则仗着自己握有军权，威胁郑王将浩泰公主嫁给他，郑王迫于其淫威，只好答应。

浩泰之侍女紫娟准备冒险渡河向秦王报信，找到江中石兄妹帮忙，却被秃鹰尾随而至。紫娟代伤逃出，惠萍却在追捕过程中伤重死亡。江中石逃至无瑕家中，秃鹰追至，无瑕母亲为了让无瑕逃出而被杀害。到了迎娶之日，小虎趁着成亲队伍走过时行刺王仁则，无瑕看到出手帮忙，却反失手被擒。

成亲之夜，小虎赶至王仁则家中救无瑕，秦王也赶至欲带走浩泰。但秦王只有一人，势单力薄，反被王仁则手下包围，浩泰为了让秦王逃脱，不惜牺牲自己。小虎与无瑕看到秦王被困，出手相救，三人逃出王家。经历此事之后，小虎决心出家当武僧，并答应无瑕不论他是出家人也好，俗家人也好，都会照顾无瑕一辈子。李世民伤心之余，也想落发出家，众武僧用计劝阻，并晓以大义，终于使李世民打消念头。

觉远练武有成，他与众武僧表示愿意追随秦王降魔卫道。王仁则得知当日救出秦王的人之中有一个为少林武僧，便带大队兵马向少林寺要人。少林不肯交出秦王与武僧，王便威胁要烧死方丈，李世民看情势危急，便答应和王走。众武僧想办法要救出秦王。

少林武僧们终于用计救出李世民，但在过程中觉远被王仁则认出。事后昙宗师父要觉远和秦王一起渡河打天下。河渡一半，觉远突然领悟昙宗师是怕自己回去后王仁则会来要人才要他过河，他不愿因自己连累少林，便要跳下船赶回去。李世民回国后，权力被削。又遭太子李建成派刺客暗杀，但被他击退。之后，太子与三皇子被李世民抓到把柄，使李世民又重新得到兵权。

李世民得佟翰生与众武僧相助，终于攻破洛阳城，觉远也杀了王仁则替父亲报仇。觉远因心感昙宗与少林的再造之恩，决心当个武僧弘扬少林武学，终成一代大师。而至于无瑕，也一直待在少林山下陪伴觉远。