La Sección 9 de Seguridad Pública está encargada de resolver un secuestro en un local llevado por geishsas androides. En la misma operación descubren el robo de unos documentos peligrosos del Gobierno japonés.

Un robusto tanque abandona la Industria Kenbishi para dirigirse a un pueblo remoto. La Sección 9 se tiene que encargar de detenerlo y descubrir la causa del extraño funcionamiento.

Después de que unos androides cometan suicidio, la Mayor Kusanagi encuentra un virus en el sistema de los ginoides. ¿Ahora debe descubrir quién quiere destruirlos y por qué?

Togusa, a raíz de una llamada de un viejo amigo, es introducido en una conspiración de alto nivel con el Gobierno como implicado y un pirata informático con malas intenciones.

En 36 horas el Superintendente General va a ser asesinado, la Sección 9 tiene que esperar. Mientras, investigando el caso del Hombre que ríe encuentran un señuelo en potencia que llevando a cabo corrupión en el departamento de policía.

Cuando un tiroteo se lleva a cabo contra el Superintendente General, Kusanagi y Pazu tienen que esforzarse en detener el virus del Hombre que ríe.

La Sección 9 vigila a un líder revolucionario extranjero posiblemente relacionado con drogas ilegales que oculta un nuevo método de alcanzar la eterna juventud.

Kusanagi es requerida por una joven que piensa que un trasplante de corazón puede provenir de una fuente no muy legal, llevando a aquella a una cruzada personal.

Cuando Kusanagi se infiltra en un chat futurista en el que se habla sobre los crímenes del Hombre que ríe descubre que los participantes no son lo que parecen.

Togusa investiga una instalación misteriosa gubernamental para investigar el «Síndrome de Autismo Cerebral» descubriendo una de las claves para resolver el caso del Hombre que ríe.

El Tachikoma encuentra a una niña que busca su perro perdido cuando se escapa de las instalaciones, mientras que Kunasagi se sumerge en una búsqueda de alma por un cibercerebro desechado.

El rescate por la Sección 9 de una niña raptada 16 años atrás por una organización en contra de la cibernetización se vuelve algo extraña.

La Sección 9 descubre un conspiración de asesinato contra un multimillonario japonés recluido cuando intentan disolver una red de delincuentes que quieren eliminar algunas organizaciones japonesas.

Los Tachikomas deciden comportarse de forma diferente ya que Kusanagi tiene algunas reservas sobre ellos y así impedir su desactivación.

Batou se plantea su dedicación a la Sección 9 cuando tiene que investigar una información filtrada por un luchador profesional retirado.

Kusanagi y Aramaki descubren una operación de lavado de dinero en Londres después de asistir a una conferencia anti terrorista internacional.

Aramaki junto a la Sección 9 desvelan una conspiración de asesinato contra un dignatario Koreano al que tienen que proteger, descubriendo así al sospechoso.

La hija del Primer Ministro es raptada sin motivo aparente y la Sección 9 tiene que investigar lo sucedido.

Una lista de una serie de vacunados secretamenete desaparece del Ministerio de Sanidad Publica y Togusa descubre a un nuevo líder en el caso del Hombre que ríe.

Después de la investigación de Togusa, la Sección 9 tiene que «detener» a un oficial del gobierno que puede tener la pista clave del caso del Hombre que ríe. Para ello tiene que atraparlo antes que el enemigo.

Motoko se desborda por el hecho del nuevo cuerpo prostético que tiene en su interior a un doctor. Mientras tanto, el hermano de Aramaki es secuestrado.

El Hombre que ríe regresa y comete un crimen que refleja uno anterior de hace seis años, el secuestro del Presidente de Genómicas Serano. La Sección 9 nueve debe poner todos los medios para seguir al desaparecido.

El Gobierno disuelve la Sección 9 y Motoko prepara al equipo para defenderse de un asalto al cuartel general.

Batou se infiltra en el apartamento de Motoko para recuperar sus armas escondidas después de quedar estos como únicos miembros de la Sección 9 en contacto.

Togusa intenta encontrar al equipo de la Sección 9 después de salir de la cárcel e intenta asesinar al responsable de la disolución del equipo, antes de llevar a cabo la operación es detenido por Batou; y...