巨蛋都市Romdo裡人類與機器共存，是一個被完全管制統治的「不需要感情的樂園」。在醫生Daedalus的實驗裡，一隻不知名怪物的爆走揭開了整部動畫的序幕，接著發生了謎一般的殺人事件，同時出現了被Cogito病毒感染而出現自我思想的Autoreiv。負責調查事件的市民情報局女檢察官RE-L Mayer及其隨從Autoreiv Iggy偶然中發現了有別於人類與機器人的怪物的秘密。當晚她居所的牆壁上出現了神秘的留言「AWAKENING」，接著從天而降的怪物破天花板而入，將她壓至牆壁。但奇怪的是，這隻怪物竟在哭泣，隨即又下來另一隻怪物，它們就這樣在RE-L的房間纏鬥了起來，RE-L則因受到太大的驚嚇而昏了過去。

來自莫斯科巨蛋的移民Vincent Law，個性懦弱，為了成為Romdo的"良好市民"，他不斷努力工作（掃蕩感染Cogito的Autoreiv等），並於事發當天向檢察官RE-L提供有關Cogito病毒的Autoreiv的情報。但在當晚因收到感染Cogito的Autoreiv出沒於Mayer的居家附近的情報前往該地而被懷疑是嫌疑犯，RE-L知道她當晚看到的絕對不是眼前這個懦弱的男子。

在好奇心驅使下，RE-L更想調查怪物背後的真相，但過程中受到很明顯的阻饒，包括iggy當天搜查記憶的消失，RE-L在事發隔天因醫生診斷妄想症為由而被撤離此案件。RE-L推測她的爺爺Donov Mayer及新上任的監管局局長Raul Creed絕對是阻饒者，但此時她也感覺到好友Daedalus也有事瞞著她...

究竟Proxy是什麼?這些怪物又是什麼?為什麼種種的事情又和Vincent脫不了關係...?