Az ezermester Yun és Haberu egy üres villából kiszivárgó hang után nyomoz. A közelben megtalálják a hang forrását, miközben Mei is hallja ugyanazt a dallamot.

Yun, Goro és robotjuk, Jet Jaguar összecsapnak az ellenséges pteroszauruszszerű kaijuval, Rodannal. Mei Tokióba utazik, hogy találkozzon egy világhírű kutatóval.

Egy rajnyi Rodan tart Nigashio felé. Az Otaki Gyár emberei mindent bevetnek, hogy elcsalják őket a várostól, de hamarosan rájönnek, hogy a Rodanok bekerítették őket.

Salunga kiemelkedik a vörös porral borított upalai kutatóállomás mélyéről. Eközben Yun végignézi, ahogy Anguirus egy hátborzongató képességről tesz tanúbizonyságot.

Mei felfedez egy rejtélyes kódot Ashihara professzor kutatásaiban. Az Otaki csapata szembeszáll Anguirusszal a város megsemmisítési erőfeszítéseinek részeként.

Egy csapat Mandát követve egy hatalmas kaiju Tokióban ér partot. Mei és Li professzor londoni járatát a vörös por miatt átirányítják Milánóba.

A Matsubara irányítása alatt álló szárazföldi erők válaszolnak Godzilla Tokió elleni támadására. A Londonba érkező Mei megpróbálja megfejtetni Ashihara kutatását.

Godzilla tovább nyomul Tokió felé, vörös porral borítva be a várost. Az Otaki csapata egy pókszerű kaiju által tőrbe csalt ember megmentésére siet.

Ashihara villájában Yun és Haberu a Jet Jaguar segítségével megpróbálják megfejteni a professzor kutatásait. Indiában Lina összehoz egy találkozót Mei és BB között.

Mielőtt elindulnak a szuperdimenzió-kalkulátorhoz, BB megmutatja Meinek a szinguláris pontra nyíló kilátást. Az Otaki csapata elhagyja Tokiót, hogy elpusztítsa Godzillát.

Mei tudomást szerez egy Ashihara kalkulátoráról élesített hatalmas régi robbanásról. Kanoko odaadja Matsubarának a merőleges átlósítót, hogy felhasználja Godzilla ellen.

Mei, BB és Pelops II megpróbálja megakadályozni a katasztrófát, de Salunga csapdába csalja őket. Eközben az Otaki csapata végső rohamra indul Godzilla ellen.