Ellerinden her iş gelen Yun ve Haberu boş bir köşkten gelen sesleri inceler ve ses kaynağının yakında olduğunu keşfederler. Bu sırada Mei de aynı sesleri duyar.

Yun, Goro ve robotları Jet Jaguar, pterozora benzeyen düşman kaiju Rodan ile kapışır. Mei, dünyaca ünlü bir araştırmacıyla görüşmek için Tokyo'ya gider.

Bir Rodan sürüsü Nigashio'ya doğru ilerlemektedir. Otaki Fabrikası ekibi onları şehirden uzaklaştırmak için uğraşsa da çok geçmeden etraflarının sarıldığını anlarlar.

Salunga, üstü kızıl tozla kaplı Upala araştırma istasyonunun derinlerinden yer yüzüne çıkar. Bu sırada Yun, Anguirus'un sıra dışı bir hünerini sergilediğini görür.

Mei, Profesör Ashihara'nın araştırmasında gizemli bir kod keşfeder. Otaki ekibi, şehrin Rodanları yok etme çalışmaları kapsamında Anguirus'la karşı karşıya gelir.

Bir grup Manda'nın ardından dev bir kaiju Tokyo'ya ulaşır. Mei ve Profesör Li'nin Londra uçağı Kızıl Toz nedeniyle Milano'ya yönlendirilir.

Matsubara'nın emrindeki kara kuvvetleri Godzilla’nın Tokyo saldırısına karşılık verir. Artık Londra'da olan Mei, Ashihara’nın araştırmasındaki şifreyi çözmeye çalışır.

Godzilla Tokyo'da ilerlemeye devam ederken tüm şehir kızıl tozla kaplanır. Otaki ekibi, örümcek benzeri bir kaijunun ağına düşmüş birini kurtarmak için harekete geçer.

Ashihara’nın köşkündeki Yun ve Haberu, Jet Jaguar'ı kullanarak profesörün araştırmasını çözmeye çalışır. Hindistan'da ise Lina, Mei Kamino'yu BB ile tanışmaya götürür.

Süper Boyut Hesap Makinesi'ne gitmeden önce BB, Mei Kamino'ya Tekil Nokta'yı gösterir. Otaki ekibi, Godzilla'yı yok etmek için Tokyo'ya doğru yola çıkar.

Mei, Ashihara'nın hesap makinesinin büyük bir patlamayı tetiklediğini öğrenir. Kanoko, Godzilla'ya karşı kullanması için Matsubara'ya Ortogonal Köşegenleştirici'yi verir.

Mei, BB ve İkinci Pelops, felaketi önlemeye çalışır. Ancak Salunga onları pusuya düşürür. Bu sırada Otaki ekibi, Godzilla'ya karşı son hamlelerini yapar.