2041年。精神エネルギーを否定する物質主義社会となった東京。国家保安本部に所属する黒木タクヤ・ユウヤ兄弟は、能力者を騙るミラクルミック逮捕の任務中に謎の少女と遭遇する。一方、超能力をもつが故に研究所に隔離されていたはずの霧原直人・直也兄弟は、目覚めるとなぜか森の中にいた。

保安隊による逮捕を免れたミラクルミックは、あるダイナーで一人の女と会っていた。その情報を掴んだ黒木兄弟たち保安隊は、ミックの身柄を確保すべくダイナ―を包囲する。しかし、そこには御厨の研究所から解放された能力者・霧原兄弟も居合わせており……。

両親と再会すべく昔住んでいた家へと向かう直人と直也。しかし家があるべき場所はただの空き地となっていた。そこに突如現れた双海翔子によって父親が営んでいた工場の跡地へと導かれる二人。そこで遭遇したのは、相次ぐ高校生の自殺騒ぎを捜査する保安隊のタクヤとユウヤだった。

黒木兄弟たちの保安隊との戦いにより、負傷した直人と直也を助けたのは、反政府レジスタンス「言論自由同盟」のメンバーだった。彼らは二人を物質社会に反した拘束者たちの更生施設へと案内し、非道な思想弾圧が行われている現状を見せつける。

騒乱の国家保安本部から、拘束された超能力者・正幸の母・美紀を助け出した直人と直也。それは全て翔子の導きによるものだった。一方、タクヤの能力発現に触発された他の隊員たちも能力が覚醒していく。保安隊長の本田は、それぞれの能力を制御する訓練を開始する。

言論自由同盟は、自分たちの主張を世に問うため、TV局を占拠し電波をジャックする計画を行動に移す。直也を人質にとられ、その計画に無理やり加担させられる直人。計画の失敗を予見する直也は、デジタルネットワークに自我を接続し、同盟内部に裏切り者がいることを突き止めるが……。

保安隊に追い詰められる中、突如として姿を消した直人と直也。再び目覚めた場所はかつて自分たちが隔離されていた研究所だった。そこで所長の御厨と再会した二人は、外の世界で起きてること、自分たちが感じていた違和感について、真実を聞かされる。

ユウヤは目覚めたリーディング能力により失踪直前の両親を幻視する。しかし、そこにはなぜか霧原兄弟の姿があった。両親の失踪に何らかの形で直人と直也が関わっていることを確信したユウヤは、より真実に迫るべく、上位アクセス権をもつ君江のPCから保安隊のネットワークにリーディングを試みる。

タクヤ、ユウヤ、道夫、玲佳の保安隊4人、そして直人と直也は、現政府のトップである予言者・奥原晶子に招かれる。そこで奥原は霧原兄弟と黒木兄弟の両者が同時に存在することが世界の消滅につながると告げる。奥原の言うことを信じた道夫と玲佳は直人・直也を殺すべく二人に挑みかかる。

窮地に陥った直人と直也は、正幸の力により、既の所で、かつて翔子が発見されたロシアの海岸に瞬間移動させられる。そこで御厨の古い友人ロシュコフとヴォルクに助けられた二人は、彼らの施設に御厨がいることを知り、面会を願い出る。しかし、そこで待っていたのはすでに息を引き取った御厨の姿だった。

とうとう奥原の予言のとおり、世界の消滅が始まった。保安隊長の本田は今の世界を守るべく、霧原兄弟と黒木兄弟を消そうとする。しかし、本田の力では流れは止めることはできない。観念した奥原は、未来を二組の兄弟に委ねる。全てを託された直人と直也、タクヤとユウヤは――