Dans un monde futuriste où toutes les religions sont interdites, les forces spéciales de sécurité nationale ont pour mission d'arrêter un gourou dont les adeptes sont capables d'utiliser la violence armée.

Naoto et Naoya tentent de faire profil bas, mais ils tombent au bien mauvais endroit en entrant dans un restaurant où va aussi se trouver Miracle Mick.

Les forces spéciales de sécurité se dirigent vers un lycée qui a connu deux suicides. Naoto et Naoya sont à la recherche de leurs parents et tentent de comprendre où sont passées les années qui leur manquent dans leur histoire.

Au QG des forces spéciales, on essaie de comprendre les capacités des Déviants et les dangers qu'ils représentent. Pendant ce temps, Naoto et Naoya sont recueillis par un groupe de résistants qui tentent de lutter pour leur liberté de pensée.

Miki raconte son histoire avec Shôko à ceux qui l'ont sauvée. Naoto et Naoya sont surpris par son récit, mais le leader de la résistance ne veut tout simplement pas y croire.

Les résistants veulent faire un coup d'éclat en montrant les pouvoirs des Déviants en direct à la télévision, mais Naoya a le pressentiment que tout va mal se passer.

Pendant que les forces spéciales se demandent où sont passés ceux qui se sont volatilisés, Naoto et Naoya sont de retour à l'institut où Mikuriya leur explique ce qu'il sait.

Les forces spéciales sont toujours à la recherche de Naoto et Naoya, et un mystérieux personnage va les aiguiller pour qu'elles puissent les retrouver.

Pendant qu'Akiko explique le paradoxe créé par les frères Kirihara aux forces spéciales, chacun essaie de sauver son monde à sa manière.

Les forces spéciales ont localisé la base russe dont parlait l'oracle. Naoto et Naoya sont semble-t-il arrivés à leur destination.

Après l'intervention de Shôko, l'espace-temps semble modifié. Naoya et Yûya vont devoir convaincre leurs aînés qu'ils peuvent éviter le pire.