2041年。东京成为否定精神能量的物质主义社会。隶属于国家保安本部的黑木拓也 · 勇也兄弟，在执行逮捕欺骗能力者的奇迹之谜的任务中遇到了神秘少女。另一方面，因为拥有超能力而被隔离在研究所的雾原直人、直也兄弟，醒来后不知为何身处森林之中

米拉克鲁米克逃过了保安队的逮捕，在一家餐厅与一名女性见面。得知这个情报的黑木兄弟保安队，为了确保米克的人身安全而包围了黛娜。但是，从御厨的研究所解放出来的能力者雾原兄弟也在那里

为了与父母重逢，直人和直也前往以前住的房子。但是房子应该在的地方变成了一片空地。突然出现在那里的双海翔子将两人引导到父亲经营的工厂旧址。在那里遇到的，是正在调查接连发生的高中生自杀风波的保安队的拓也和裕也

在黑木兄弟与保安队的战斗中，帮助受伤的直人和直也的是反政府抵抗组织“言论自由同盟”的成员。他们带领二人来到违反物质社会的被拘留者的更生设施，让他们看到残忍的思想镇压正在进行的现状

直人和直也从骚乱的国家保安本部救出了被拘留的超能力者 · 正幸的母亲 · 美纪。这一切都是翔子引导的结果。另一方面，受到拓也能力发现的触发，其他队员的能力也逐渐觉醒。保安队长本田开始进行控制各自能力的训练

言论自由同盟为了将自己的主张公诸于世，将占领电视台并劫持电波的计划付诸行动。直也被当成人质，强迫他参与这个计划。预见到计划失败的直也，将自我连接到数字网络，发现同盟内部有叛徒

直人和直也在被保安队逼得走投无路时，突然失踪了。他们再次醒来的地方是曾经自己被隔离的研究所。在那里与所长御厨重逢的两人，被告知了外面世界发生的事情，以及自己感受到的不协调感的真相

佑也以清醒的阅读能力幻视了失踪前的双亲。但是，不知为何雾原兄弟的身影出现在那里。确信了直人和直也在某种程度上与父母失踪有关的裕也，为了进一步追查真相，尝试从拥有上位访问权的君江的电脑中读取保安队的网络

拓也、佑也、道夫、玲佳这四名保安队成员，以及直人和直也，受到现任政府首脑 -- 预言家奥原晶子的邀请。在那里奥原告诉雾原兄弟和黑木兄弟两者同时存在与世界的消灭有关。相信了奥原的道夫和玲佳，为了杀死直人和直也而向两人挑战

陷入困境的直人和直也，在正幸的帮助下，被瞬间移动到了已经发现翔子的俄罗斯海岸。在那里，被御厨的老朋友罗什科夫和沃尔克所救的两人，知道了御厨在他们的设施里，请求会面。然而，等在那里的却是已经断气的御厨的身影

在俄罗斯的空袭中，雾原兄弟和黑木兄弟被翔子的力量转移到了涩谷。佑也和直也利用各自的能力连结在一起，互相理解，找出自己的因果，摸索拯救一切的方法。但是由于这个行为，拓也和直人知道了弟弟正面临着被消灭的危机