Madlax, agent secret. Pas de nom, pas de passé, age apparent, 17 ans, juste une réputation de tueuse redoutée de tous qui exécute des missions spéciales données par un certain SSS depuis 3 ans sur les terres d'un royaume nommé Gazth-Sonika en Asie du Sud-Est, ravagé et rongé par la guerre civile depuis 12 ans.

Margaret Burton, née le 14 juillet 1992, 17 ans au moment de l'histoire, lycéenne dans un pays d'Europe du nom de Nafrece. Une jeune fille issue du milieu aristocratique et sous la garde de sa gouvernante Eléanor semble souffrir d'une profonde amnésie, à la suite de la mort de ses parents dans un accident d'avion auquel elle a échappé miraculeusement.

Malgré ce qui les oppose, ces deux femmes semblent liées par un lien surnaturel. En effet, après l'accident d'avion, Margaret ne pouvait plus prononcer qu'un seul mot : Madlax...