Mirai es un joven que, harto de la vida, decide suicidarse y acabar con todo. Pero justo antes un ángel evita su muerte y le hace un ofrecimiento.

Nasse le informa a Mirai que ha sido elegido para ser un "buen candidato". Aparentemente solo uno de los trece candidatos a Dios será seleccionado para convertirse en el próximo Dios. Al inicio Mirai no cree la noticia, pero decide dar el primer paso hacia vivir una vida feliz. Sin embargo, un día se entera de que otro candidato a Dios murió bajo circunstancias misteriosas. Además, durante un asalto a un banco, un nuevo candidato a Dios que se hace llamar "Metropoliman" aparece frente a las cámaras de televisión

Llega abril y ahora Mirai es estudiante de preparatoria. Se dirige a la preparatoria el día de su ceremonia de ingreso y entonces ve un ángel volando sobre su cabeza... justo antes de que su amiga de la infancia, Saki Hanagako, le dispare una Flecha Roja de amor. Habiendo caído en la trampa de Rebel, el ángel, Mirai está dispuesto a dar su propia vida por proteger a Saki. Decide sacrificarse a sí mismo para derrotar a otro candidato a Dios, pero... Mientras tanto, el candidato a Dios enmascarado, Metropoliman, entra en acción y la situación pasa a una nueva fase.

Metropoliman envía un mensaje al resto de candidatos a Dios a través de una emisión televisiva. Quiere que los candidatos se reúnan para discutir quién debería ser el próximo Dios. Sin embargo, los candidatos a Dios Metro Blue y Metro Yellow que acuden al encuentro no creen en lo que dice Metropoliman. La situación escala rápidamente a una batalla en el estado Jinbo. En las gradas, Mirai y Saki dudan sobre qué deben hacer... Cuando la situación se torna mucho más desesperada, ambos se verán forzados a tomar una difícil decisión.

"No pude hacer nada...". Con esa sensación de desesperanza en sus mentes, Mirai y Saki abandonan el Estadio Jinbo. Les cuesta creer que ellos dos solos puedan enfrentarse al extremadamente poderoso estratega Metropoliman... Sin embargo, otro candidato a Dios contacta con Mirai y Saki. Se llama Nanato Mukaido. Mukaido dice a Mirai y Saki que Metropoliman no debe convertirse en el próximo Dios y les propone acabar juntos con él.

La Chica A, una asesina en serie de secundaria, escapa de las instalaciones en las que estaba cautiva. El grupo de Mirai deduce que para atraer al resto de candidatos a Dios, Metropoliman le dio las alas y una flecha para que pudiera escapar. Mirai odia a Metropoliman por jugar sucio y estar dispuesto a hacer cualquier cosa por convertirse en el próximo Dios. Algo después aparece la primera víctima en la Grand Tower de la ciudad y la situación se complica rápidamente. El grupo de Mirai decide intervenir para impedir que la Chica A cause más víctimas.

La reciente batalla en Grand Tower deja marcados a Mirai y al resto de varias formas. A Saki, quien no pudo participar en la batalla, parece que la atormenta algo. Es entonces cuando le pide a Mirai que la mate. ¿Por qué una chica tan amable y bondadosa como Saki fue elegida como candidata a Dios? Mirai descubre la verdad y le pide a Mirai que tome cierta decisión. Mientras tanto, un estudiante llamado Kanade Uryu, la identidad real de Metropoliman, planea ya su próximo movimiento.

Un nuevo candidato a dios prepara una trampa para Mirai y sus compañeros. El apuesto hombre de largo cabello, un candidato a dios que porta espadas además de las Alas y las Flechas, se llama Hajime Sokotani. Hajime, quien ha llevado una trágica vida hasta el momento, adora a Metropoliman, que es su polo opuesto, y desea convertirse en su leal siervo. Para conseguir tal objetivo, Hajime pone en su punto de mira a Mirai y sus compañeros y se dirige hacia cierto lugar

Hajime tiene como rehenes a la esposa y a la hija de Mukaido. Él está tan decidido a rescatarlas que cae en una trampa de la cual no tiene escapatoria. Mirai también entra en la trampa para salvarlos. Mientras tanto, Saki, que solo tiene una Flecha Roja, se queda en casa al no poder ayudar en el combate. Aunque no puede pelear sin Alas, decide ir a ayudar a Mirai y a Mukaido. Al verla, el ángel Revel reflexiona sobre su propia impotencia... y las lágrimas recorren sus mejillas por primera vez.

Saki dispara a Hajime con una Flecha Roja y las cosas parecen mejorar para Mirai y Mukaido. Sin embargo, la situación se complica cuando Metropoliman hace que otros de sus más perversos y sedientos de sangre aliados se unan a la batalla.

Fuyuko amenaza a Mirai y a sus compañeros diciéndoles que llevará a cabo un acto terrorista indiscriminado esparciendo su virus. Exige que le permitan probar su nueva droga con ellos si quieren evitar el ataque. Kanade escoge a Mirai como su primer conejillo de indias. Mukaido y Saki intentan desesperadamente detenerlo, pero Mirai no les escucha porque no quiere que muera nadie y decide enfrentarse a Fuyuko en solitario. La aguja se aproxima. ¿Cuál será el destino de Mirai...?

Mirai y Metropoliman acuerdan pelear de forma justa tomando turnos para dispararse Flechas el uno al otro. Según avanza el duelo, Metropoliman recuerda su pasado y declara cuáles son sus valores personales

Mirai y Kanade no son conscientes de que hay alguien transmitiendo online su duelo. Cuando personas de todo Japón e incluso la policía ven la transmisión y pasan a la acción, su duelo se aproxima a su final. Una Flecha Roja que busca la felicidad contra una Flecha Blanca que concederá su deseo. ¿Cuál será el destino de aquellos que pelean por sus vidas?

Mukaido se dejó la vida para poner fin a la larga batalla contra Metropoliman (Kanade). Pero Mirai sabía que alguien le había clavado la Flecha Roja a Kanade. ¿Quién lo controlaba? La policía empieza a trabajar para desvelar la identidad de los candidatos a Dios, cambiando el tablero de juego. Por otro lado, un nuevo candidato hace su movimiento.

Susumu, candidato a Dios y estudiante de primaria, revela información relacionada con el proceso de selección de nuevo Dios en una emisión en vivo. Como resultado, gente de todo el mundo comienza a buscar a los candidatos a Dios. Mirai y Saki están bajo mucho estrés. Todo el mundo los busca y sus identidades no deben ser descubiertas bajo ningún concepto... pero un día, de camino a casa, un policía llamado Hoshi se acerca a Mirai.

Creyendo que uno de ellos ha de ser un candidato a Dios, Mirai y Saki se dirigen a la casa de la familia Nakaumi. Allí presencian algo inesperado... Mirai intenta convencer al menor de los hermanos, Shuji Nakaumi, pero es muy testarudo y difícil de persuadir. Mirai se ve forzado a enfrentarse a una complicada pregunta: "¿Qué es la felicidad?".

Mirai, Saki, Susumu y Nakaumi... Hasta el momento se han confirmado las intenciones de cuatro candidatos a Dios. Quedan dos candidatos. Una de ellas es Yuri Temari, a quien ha capturado la policía y está bajo arresto domiciliario. El grupo de Mirai parte a rescatarla...

Para poder atraer al último candidato a Dios a la discusión, Mirai y los otros cuatro candidatos a Dios deciden intentar llegar a él a través de una transmisión televisiva. Cuando la situación se tensa al aparecer los helicópteros de ataque de las Fuerzas de Autodefensa, aparece el último candidato a Dios.

La primera reunión entre todos los candidatos a Dios acaba de la peor manera posible y los candidatos acaban divididos en dos facciones. El líder de una de ellas es Mirai, mientras que la otra la lidera Yoneda, a quien acompaña Muni, el Ángel de la Destrucción. Hoshi, antigua compañera de clase de Yoneda, habla a Mirai sobre una experiencia que tuvo con Yoneda durante la universidad. La personalidad de Yoneda se va revelando poco a poco, pero, mientras... Los desastres sacuden el cielo. Se acerca la hora límite.

Cuando llega el momento, Yoneda es el que da el primer paso. Usa los medios de comunicación para indicar al grupo de Mirai la hora y el lugar de su enfrentamiento final. Mirai y Saki pasan algo de tiempo a solas para prepararse para lo que se avecina. Finalmente, da comienzo el enfrentamiento final entre los candidatos a Dios. ¿Cuál es el plan de Yoneda...?

The new national stadium is chosen as the location for their final showdown. After describing his theory on the future of humanity, Yoneda requests a one on one conversation with Mirai. Mirai agrees, and Saki, Temari, Nakaumi, and Yumiki depart... leaving Mirai, Yoneda, and only Hoshi to observe the events. Yoneda is attempting to prevent the birth of the next God for the sake of the future he imagines for humanity. With the whole world watching, in order to defeat Yoneda, Mirai demonstrates his resolve.

Just when the White Arrow is about to strike Mirai, his partner Nasse undergoes a decisive change that impacts the course of battle. As the situation rapidly changes again and again... The long battle between the God candidates finally comes to an end.

God has been chosen and the world's memories of the God selection process has been erased. Professor Yoneda returns to his normal life with Temari as his new laboratory assistant whereas Mirai and Saki shape their future together with the intention of opening a flower shop of their own. Years eventually pass since the conclusion of the competition, and God, who has been watching all this time, comes to a conclusion.