동란의 세상. 히노모토는 갑자기 나타난 정체불명의 생명체 '귀신'에게 지배당하고, 귀신에 대항한 무사는 대역 죄인이 되어 혐오의 대상이 되고 말았다. 귀신을 숭배하는 사람들 속에서 무사시는 마음속에 꿈을 품고 있었다. 그것은 소꿉친구 코지로와 함께 '최강의 무사단'을 만들어 오니를 퇴치하는 것이었다. 그 옛날, 히노모토의 자유를 되찾기 위해 오니에 맞서 싸웠던 무사들처럼. 돌아가신 코지로의 아버지 지사이의 말대로. 하지만, 그것은 세상의 거짓과 싸우는 일이기도 했다.

갑자기 나타난 귀신 염옥천구에 맞서는 무사시와 코지로. 그러나 염옥천구는 코지로의 칼을 빼앗으려 한다. 그 칼은 돌아가신 아버지의 유품이자 무사의 긍지였다. 무사라는 이유만으로 어린 시절부터 차별받고 학대 당한 코지로는 무사의 피가 흐르는 자신에 대해 복잡한 감정을 품고 있었다. 무사시는 그런 코지로에게 무사의 각오를 묻게 된다. 그리고 코지로의 칼을 되찾기 위해 과감히 홀로 염옥천구에 맞서는 무사시. 그때, 그곳에 수수께끼의 집단이 나타난다. 그들은 무사단이었다!

무사시와 코지로 앞에 나타난 건 타케다 무사단이었다. 무사시는 타케다보다 먼저 귀신 염옥천구를 무찔러 첫 공적을 올리고 싶어 하지만 단장인 타케다 나오토라에게 혼자 힘으로 이길 수 있는 상대가 아니라는 말을 듣고 기분이 상해 버린다. 코지로는 타케다 무사단이 귀신과 싸우는 모습을 감개무량하게 바라본다. 그 광경은 어린 시절 아버지가 보여준 두루마리 그림 그 자체였던 것이다. 한편, 나오토라의 말에 분해하던 무사시는 염옥천구를 향해 달려나간다.

타츠야마 마을을 뒤로하고 바깥 세계로 향한 무사시와 코지로 앞에 한 소녀가 나타난다. 소녀는 코사메다 무사단의 단원 핫토리 츠구미로, 그녀에게 귀철기를 뺏긴 두 사람은 이를 되찾기 위해 츠구미가 있는 코사메다성으로 향하고, 처음으로 들어간 이동 성채 안에서 평범한 영민들의 평범한 생활을 목격한다. 그런 와중에 성주 코사메다 히데오는 무사시와 코지로에게 오니 퇴치를 위해 같이 싸우자고 제안한다

츠구미에게 뺏긴 귀철기를 되찾기 위해 코사메다 성으로 온 무사시와 코지로. 그때, 나무 정령 오니의 무리가 접근해 온다. 나무 정령 오니는 개별로 보면 약하지만 무리를 이루면 엄청난 파괴력을 발휘하는 오니다. 그 나무 정령 오니를 무찌르기 위해 코사메다 성의 성주 코사메다 히데오는 영민들에게 어떤 명령을 내리고, 그것은 츠구미에게 힘든 결단을 하게 하는데...

나무 정령 오니가 사라진 후, 코사메다 성은 폐허로 변하고, 무사시와 코지로는 성의 복구를 돕는다. 츠구미는 히데오와의 직접 대결에서 승리하지만 그의 정신적 지배에서 벗어나지 못한다. 그런 츠구미를 걱정한 마을 사람들은 무사시와 코지로에게 한 가지 부탁을 하는데... 한편, 무사시는 귀신을 무찌를 수 있는 칼 '귀철도'를 소유한 정체불명의 남자와 조우한다.

귀신을 무찌를 수 있는 유일한 칼, 귀철도. 무사시와 코지로는 도장 두목 오사후네 미츠루의 류조지 무사단이 만든 귀철도를 사기 위해 경매에 나서고, '칼의 시험'을 치르게 된다. 귀철도는 칼의 시험을 통과한 선택받은 자만이 손에 넣을 수가 있는 것이다. 코지로가 칼자루를 손에 쥐자 이변이 일어나는데... 과연 두 사람은 칼의 시험을 통과하고 귀철도를 손에 넣을 수 있을 것인가.

칼의 시험을 받은 무사시와 코지로. 칼의 시험에 성공해 귀철도 '열공팔중앵'을 손에 넣은 코지로는 무사들과 함께 귀신 퇴치를 위해 산 정산으로 향한다. 한편, 칼의 시험에 실패해 절망하는 무사시. 그때, 정체불명의 남자 이누카이 시로가 나타나 무사시를 깊은 구멍 아래로 떨어뜨리고, 무사시는 불타는 용암을 향해 떨어진다. 시로의 목적은 무사시를 귀철도로 만드는 것이었다.

가슴 깊숙이 숨겨뒀던 자신의 과거에 충격을 받은 무사시는 점점 몸이 검은 광석으로 변해간다. 한편, 귀신 퇴치에 나섰던 코지로와 츠구미는 칼 사냥꾼과 맞닥뜨린다. 귀철도의 힘을 뺏기 위해 소유주를 죽이는 칼 사냥꾼의 정체는 시로였다. 시로는 코지로에게 '너도 귀철도가 될 수 있다'라고 하는데...

나나오의 검술 '편검칠도류 역살차'에 농락당하는 무사시, 코지로, 츠구미. 지팡이가 7개의 검으로 변해 이들을 공격해 오지만, 코지로가 생각해낸 전략이 적중하여 나나오를 몰아붙인다. 다음으로 나선 시로는 공간을 사각으로 잘라 공간을 통째로 전이시키는 기술을 선보이고, 무사시 일행은 절체절명의 위기에 빠진다. 그때, 무사시 안에 잠들어 있던 흑요의 힘이 각성하는데...

동쪽으로 향하던 무사시, 코지로, 츠구미는 사루와타리 미치루라는 소녀와 만난다. 미치루는 우에스기 연합의 전투에 참가하기 위해 하리마로 향하는 중이었다. 우에스기 무사단 단장, 우에스기 타츠오미는 히노모토 최강이라 불리는 다섯 무사 '오걸장'의 일원이었다. 오걸장의 비원은 히노모토 최강이자 최대의 오니 '흑귀신'을 무찌르는 것. 지사이의 두루마리 그림에서 우에스기의 화압을 발견한 코지로는 아버지에 대해 알고 싶어 하고, 무사시는 더 무사에 대해 알고 싶은 마음이 강해진다.

Musashi, Kojiro, and Tsugumi meet up with the gathering Uesugi Alliance in an effort to learn more about Kojiro's father. But with a battle against the Kishin of Awaji Island looming, the assembled forces might not be in the mood to indulge outsiders...

After volunteering to take part in a duel for the leadership of his unit, Musashi is confronted with a grim reality.

Musashi's troubles in the Shimazu Unit seem to get worse and worse, with accusations of desertion and espionage thrown his way. At least he can turn to the gentle Michiru to take his side... or can he?

With the connection between Musashi and Michiru, the location of the Goddess Obsidian ends up being discovered by Yataro, who immediately warns the Black Dogs, and the group assembles a strategy to recover her.

Two of the Obsidian Eight are assaulting the Uesugi castle with Yamata no Orochi, while a third member kidnaps Musashi and tries to convince Michiru to kill him.

Battle lines are drawn, with the Obsidian Brotherhood out to defend Yamata no Orochi and capture the Obsidian Goddess, while Musashi works with the Uesugi Band to slay the Kishin and rescue his friends.

Naoe Kanetatsu of the Uesugi Bushi is facing off against Inukawa Seiroku of the Obsidian Eight. But how can he hope to defeat someone whose power seems to be inflicting physical trauma at will?

Shiro's unique powers are enough to overwhelm an entire group of Bushi by himself. Does Naotora really stand a chance?

It's up to Musashi's squad to defeat Yataro, but the Shimazu siblings heading up their assault don't seem to be on the same page anymore.

The struggle to keep the white serpent from empowering Yamata no Orochi becomes desperate, as the truth behind the friction among the Shimazu brothers is revealed.

When everything seemed to have ended with the death of Orochi, the bushi discovered that in reality the fight had only begun.

Musashi tried to save Michiru desperately while the young man's feelings seemed to resigned to his death, something that the young bushi was not willing to accept.