網代慎平在收到兒時玩伴小舟潮的死訊後回到了故鄉，和歌山市的日都島。據說那裡流傳著一種風土病：看到與自己一樣的「影子」的人就會死。而潮的妹妹澪說，她曾看到過潮的「影子」。

為了查清潮之死的真相，慎平和澪前往蛭子神處。但出現在那裡的卻是澪的「影子」。本來被「影子」開槍殺害的慎平恢復意識時，卻發現自己在前往日都島的渡輪上。

被「影子」澪刺殺的慎平恢復意識時，發現自己站在與澪再次見面時的碼頭上，這一天是 7 月 22 日。為了避免事態出現最壞的結果，慎平一邊思考對策，一邊前往小早川家。然而，卻差點遭到詩織「影子」的殺害……

潮的「影子」出現在慎平面前。從她的言行舉止可以看出，她認為自己就是真正的潮。面對困惑的慎平，潮的「影子」卻發自內心地為再次見到他而高興。儘管慎平有些混亂，但也掩飾不住能與潮本人對話的喜悅之情。

日都島的夏日慶典中，巨大的「影子」正在進行大屠殺。慎平只能眼睜睜看著他的朋友和其他島民接連被殺。不久，「影子」吞噬了島上的人們。

與慎平在渡輪上相遇的女性——南方日鶴，是一名以「南雲龍之介」為筆名的作家。為了解開留在電話裡的一個神秘訊息，她回到了故鄉日都島。

為了殺掉小早川一家的「影子」，慎平、日鶴以及與日鶴共同行動的獵人根津前往小早川家。三人成功捕獲了詩織的「影子」，而詩織的「影子」承認，是自己殺死了潮。

日鶴和根津等待著機會，隨時準備殺掉澪的「影子」，但她一直沒有現身。沒想到她竟然出現在慎平的面前，準備用手中的刀刺殺他，但在潮的「影子」的幫助下，慎平逃過一劫。

在潮遺留下來的電話中有一段影片，播放後出現了潮與潮的「影子」一起的畫面。影片中講述了潮與潮的「影子」相遇後，兩人所經歷的每一天。

慎平認為，潮與潮的「影子」一起去過的鷹巢山上有關於「影子」的線索。那裡是窗的老家，有一棟菱形醫院的舊醫院樓。當天夜裡，慎平、窗和潮各自整理好裝備，前往舊醫院樓。

慎平、潮和窗被「影子」團團圍住，但「影子」的目標只有潮一人。與此同時，澪和凸村一起目睹了詩織的「影子」，並跟隨著她的腳步，追尋她的蹤跡。

窗的妹妹朱鷺子說道，他們一直以來都在給蛭子大人提供稱為「食物」的死人。所謂的蛭子大人，是一個穿著和服的少女，名為「波稻」，而曾出現在日都神社上的巨大「影子」，稱波稻為「母親」。

慎平恢復意識時，來到了 14 年前的世界——日鶴的記憶之中。日鶴與波稻曾經是朋友。可有一天，波稻因難忍「饑餓」而吃掉了龍之介。

慎平恢復意識時，來到了 14 年前的世界——日鶴的記憶之中。日鶴與波稻曾經是朋友。可有一天，波稻因難忍「饑餓」而吃掉了龍之介。

與慎平同樣進入迴圈的波稻，發現了慎平每進行一次迴圈，其起點就會逐漸往後推移，於是打算將慎平徹底鏟除。當晚，為了消滅四手，慎平等人再次集中於日都島中小學校。

在與四手所率領的「影子」大軍戰鬥的過程中，澪提議將自身的「影子」變為同伴。潮便使用能力，讓澪的「影子」不再對慎平等人抱有敵意。據澪的「影子」所說，菱形醫院裡有關於「影子」的線索。

慎平等人從窗的父親，也就是菱形醫院的院長菱形青銅的口中，得知了四手的真面目後，決定在醫院待到 7 月 23 日。正當一行人為對付四手做準備而休息時，根津的身影出現，正準備去往某個地方。

慎平來到日都神社，拜訪了神社的宮司，雁切。隨後慎平指出，在一張 70 年前的照片中有雁切的身影，由此追問雁切，其真面目是否為菱形醫院的第一任院長——菱形紙垂彥。

在絕望的情況之下，雁切與波稻展開新的行動。澪與日鶴收到慎平的聯絡後得知潮死亡一事。她們各自前往慎平所指定的會合地點，日鶴在赴約處看到慎平的身影，而另一邊，澪卻看到是雁切在等候著她的到來。

日鶴與雁切之間展開激烈的戰鬥，朱鷺子所操控的吉爾與羅茲也前來幫忙，打鬥局面越演越烈。與此同時，慎平與澪的「影子」來到另一個雁切的面前。但先過去的澪和窗卻不見蹤影。

在慎平為日鶴的死陷入絕望時，他透過與影子澪的對話發現在日都島夏日慶典當天的 7 月 24 日潮可能會回來。慎平手持成為復活關鍵的潮的頸鏈擬定最後的計劃。另一邊，察覺到此事的波稻與雁切也為了抓住潮而開始行動。

一切正如慎平所計劃的那樣，潮完全復活了。接著，慎平想到的作戰計劃是趁四手與海涅不在，輪迴到蛭子洞本體所在處，之後和在此處待機的夥伴們一起攻擊蛭子的本體。

原本已被殺掉的四手，卻再次現身在慎平等人面前。四手剖開波稻的腹部，將慎平和潮帶往波稻的故鄉。之後，慎平與體內的龍之介一起，尋找在途中失散的潮。

潮決心與四手決一死戰，但她也知道，要想打贏四手，必須徹底消除他的鎧甲才行。經過激烈的戰鬥後，潮被逼入絕境，於是慎平代替她與四手對峙。最後一戰拉開了帷幕。