Ichigo n'a qu'une envie : vivre son premier amour. Elle s'entiche d'Aoyama, le garçon le plus populaire du lycée. Mais lors de leur premier rendez-vous, un étrange événement va se produire et changer la vie d'Ichigo du tout au tout…

Shirogane et Keiichirô expliquent à Ichigo sa mutation et la mission qu'ils lui réservent. Minto et elle doivent vite trouver les autres Mew Mew afin de sauver la planète. Par chance, la troisième, Retasu, leur rend visite au Café Mew Mew.

Ichigo invite Aoyama au zoo, mais tout tourne au vinaigre quand un mystérieux garçon du nom de Quiche fait son apparition.

Pudding commence à travailler au café, au grand dam d'Ichigo. Minto trouve un moyen d'approcher la cinquième Mew Mew, Zakuro, une star à qui elle voue une admiration sans bornes.

Minto est anéantie depuis la rencontre avec Zakuro. Les Mew Mew tentent de lui remonter le moral, inquiètes pour leur amie.

Quiche compte s'en prendre à Zakuro. Les Mew Mew infiltrent donc le studio télé où elle est venue chanter. Vont-elles réussir à la protéger ou à la convaincre de les rejoindre ?

Alors que Quiche se fait évincer par ses supérieurs à cause de ses nombreux échecs, Ichigo se demande si la médiatisation des Mew Mew risque de mettre en péril sa relation avec Aoyama.

Retasu se sent inutile et décide de se donner à fond dans tout, mais les résultats ne sont pas au rendez-vous. Shirogane et Akasaka invitent les filles à une croisière, mais bien entendu, les aliens ne sont jamais loin…

La croisière ayant permis une découverte de taille dans la lutte contre les aliens, les responsabilités des Mew Mew ne cessent d'augmenter. Ichigo est à cran, mais ses amies comptent tout faire pour que sa vie amoureuse se déroule bien, malgré son planning chargé.

Alors qu’Ichigo ne rêve que d’aller au concert avec Aoyama, elle est encore une fois rattrapée par son destin de Mew Mew. Akasaka découvre une anomalie qui met la ville de Tokyo en péril, mais Ichigo va d’abord devoir lutter contre un problème plus pressant.

Pendant qu’Ichigo est en vadrouille, les autres Mew Mew vont devoir s’occuper seules du mystérieux cocon qui est apparu au-dessus de la tour de Tokyo. Tant qu’elle ne percera pas les secrets de sa transformation en chat, elle ne pourra ni prêter main-forte à ses amies ni aller au concert avec Aoyama. Le temps presse !

Les Mew Mew tentent à tout prix d'arrêter le plan des aliens, mais ceux-ci ont plus d'un tour dans leur sac… Ichigo parviendra-t-elle à retrouver Aoyama au concert ?

Alors qu'Ichigo file le parfait amour avec Aoyama, Quiche décide d'interrompre leur rendez-vous à l'aquarium et d'organiser une petite fête pour sa bien-aimée.

Exaspérée par le comportement de sa famille à son égard, Minto décide de prouver ce qu'elle vaut. Mais c'était sans compter sur l'intervention de Pie, qui ne compte pas laisser de répit aux Mew Mew.

Pudding a prévu une surprise de taille pour l'anniversaire de ses frères et sœurs. Seulement, les aliens ont préparé une nouvelle attaque qui pourrait bien mettre son cadeau en péril…

Shirogane entraîne Retasu au musée océanographique pour chercher du Mew Aqua. Cette quête amènera la Mew Mew à rencontrer une mystérieuse jeune femme du nom de Madeleine…

Zakuro décide d'inclure les Mew Mew dans son nouveau clip tourné sous la direction de Rika Minagawa, une réalisatrice avec qui elle a eu un différend par le passé.

En découvrant le secret de Shirogane, Ichigo découvre également son passé et les racines du projet Mew. Peu de temps après, Pie décide de relancer le plan Tokyo Gondwana Renaissance.

Les aliens entrent dans la dernière phase de leur plan. Ichigo découvre la véritable identité du chevalier d'azur. Mais un secret peut en cacher un autre…

Alors que Minto tente de convaincre son frère de la laisser neutraliser le purificateur, les autres Mew Mew cherchent du Mew Aqua. Les aliens s'impatientent, le réveil de leur chef prenant plus de temps que prévu.

Deep Blue a fait son apparition et Ichigo est sous le choc. Ses amies vont devoir l'aider à se ressaisir afin de sauver la Terre des aliens.

L'heure du combat final a sonné. Les Mew Mew partent à la recherche du Mew Aqua, mais les aliens vont leur donner du fil à retordre.

Ichigo décide de combattre Deep Blue jusqu'au bout. Parviendra-t-elle à sauver la Terre et l'humanité entière ?