Yuito et Nagi sont intronisés dans les Gardiens Scarlet et rencontrent les membres de leur équipe, chacun avec son propre pouvoir psionique. Peu de temps après, ils se joignent à la bataille contre les mutants envahisseurs connus sous le nom d'Autres, mais pourrait-il y avoir plus à l'invasion qu'il n'y paraît ?

Le souvenir de Yuito de son sauveur d'enfance revient. Pendant qu'ils ne sont pas en service, Yuito et Nagi rencontrent Naomi et Kasane. Quelque chose se prépare à Seiran, mais est-ce lié au programme de Karen ? Les pelotons Seto et Kyoka s'entraînent, puis se démènent pour intercepter les Autres.

Quelque chose va horriblement mal avec Naomi, laissant ses camarades abasourdis et confus. Il est clair qu'il y a plus que cela quand on leur dit de se taire. Kasane divulgue un secret choquant à Yuito, et les pelotons Seto et Kyoka font face à un ennemi inattendu.

Les machinations de Karen mènent à une bataille entre camarades jusqu'à ce qu'une nouvelle menace arrive, revendiquant tout autour d'elle. Yuito et sa compagnie pansent leurs blessures alors qu'ils découvrent les motivations de Karen. D'autres envahissent Suoh, et Kasane et sa compagnie se réveillent dans un endroit étrange.

Alors que la révolte de Karen prend de l'ampleur, Yuito et les forces fidèles à New Himuka sont aux abois. Fubuki prend le commandement d'une bande de loyalistes et ordonne à Yuito de vérifier que son père est en sécurité. Karen révèle publiquement un motif et Yuito fait une rencontre choquante.

Kasane et sa compagnie se réveillent face à une réalité choquante et à d'étranges rencontres. Kasane découvre le vide dans le ciel et un moyen de l'arrêter. Yuito et Kasane s'affrontent après qu'elle découvre ce qui se cache derrière la révolte de Karen. Kasane se rend à Seiran avec d'autres membres de l'OSF.

Les amis deviennent des ennemis alors que l'OSF se divise en deux. Yuito reçoit une promotion, mais pourquoi ne s'en souvient-il pas ? Karen crée un nouveau peloton Seiran OSF et dit à Kasane qu'ils ont Naomi à leur charge. La chasse à Nagi est lancée alors que Yuito obtient de nouvelles informations.

La chasse à Nagi continue. Le peloton de Yuito est pris en embuscade mais s'enfuit de justesse. Fubuki et Luka révèlent les secrets de l'hôpital et les sombres vérités qui se cachent derrière eux. Le peloton de Kasane recherche Naomi. Karen propose de l'aider avec l'état de Naomi.

Fubuki fait des confidences à Yuito et à son peloton. Le médicament fourni par l'hôpital de la BEA à Yuito va aider celui-ci à se sortir d'une situation dangereuse, mais à quel prix ?

Le peloton de Yuito doit retourner à l'hôpital de la BEA pour récupérer les données de Nagi, mais au cours de cette mission, il va découvrir quelque chose sur son passé.

Les pelotons de Yuito et de Kasane se dirigent vers Togetsu, tandis que Fubuki et Karen évoquent leur passé avec Alice.

Le peloton de Yuito fait face à une avalanche de révélations : le monde n’est peut-être pas celui qu’il croyait être… De son côté, Kasane lève enfin le voile entourant son passé.

Yuito et Kasane tentent de fuir Togetsu avec leurs pelotons. Kyoka tente de contrecarrer l'évasion de Kasane. L'équipe de Yuito apprend le passé de Kasane et pourquoi elle a essayé de le tuer.

Yuito veut dire à son frère ce que trame Togetsu. Kaito en profite pour lui révéler tout ce que cache leur famille depuis des milliers d'années.

Le peloton de Kasane part à la recherche des humains transformés en Autres qui ont été déplacés du laboratoire de Seiran, tandis que le peloton de Yuito pénètre à l'intérieur de l'Arahabaki.

Les retombées des récents événements ont de lourdes conséquences pour Yuito qui risque de ne pas s'en sortir indemne.

Yuito et Fubuki partagent toutes leurs informations et récentes découvertes. Fubuki en profite pour parler de son lien très fort qui l'unit à Karen et Alice.

Kagero décide d'expliquer à Yuito et ses amis ce qu'il s'est passé entre le président Sumeragi et lui. Il en profite pour révéler son véritable objectif.

Yuito et Kasane apprennent la vérité sur le passé de leur mère.

Yuito et Kasane passent un moment paisible avec leurs proches avant de s'atteler à faire disparaître le portail Kunad.

Le portail est toujours là malgré l'intervention de Yuito et Kasane. La vision qu'ils ont dans le terminal Chronos donne lieu à une hypothèse des plus surprenantes.

Le chaos règne à cause de l'attaque d'Autres particulièrement nombreux. Yuito et ses amis doivent se rendre au plus vite au tombeau pour essayer de faire disparaître le portail.

Yuito et ses amis doivent parvenir à convaincre Karen de les aider à faire disparaître toutes les intrications qu'il a engendrées, mais se laissera-t-il faire gentiment ?

Le peloton de Yuito établit une stratégie ambitieuse pour venir à bout du portail Kunad, mais aussi de la Ceinture de l'Extinction. Vont-ils arriver à leur fin ?

Les choses ont changé et chacun suit désormais sa propre route, entre promotions, reconversions et nouveaux défis.