Eine unbekannte Lebensform genannt Andere bedroht die Menschen. Yuito und Nagi haben ihre Eignungsprüfung bestanden und sind zu Mitgliedern der Scharlachroten Wächter geworden. Gemeinsam mit ihren Kameraden bekämpfen sie die Anderen und versuchen das Mysterium aufzudecken.

Da es Yuito bereits bei seinem ersten Kampf gelungen ist, Andere zu besiegen, spricht die gesamte AAS über ihn und seinen Erfolg. Doch Yuito ist weiterhin auf der Suche nach der mysteriösen Frau, die ihn in seiner Kindheit gerettet hat. Er erkennt eine Ähnlichkeit bei Kasane.

Direkt vor den Augen von Yuito, Kasane und dem Rest ihrer Platoons verwandelt sich Naomi in einen Anderen. Sie sind gezwungen gegen sie zu kämpfen. Finden sie einen Weg, um Naomi zurückzuverwandeln und zu retten?

Gemma stellt Seto zur Rede und behauptet, dass er in dubiose Forschungen für die Regierung verstrickt sei. Es kommt zum Kampf. Auch Nagi wendet sich plötzlich gegen seine Kameraden.

Major General Karen hat zusammen mit den Streitkräften von Seiran begonnen, das Regime von New Himuka zu stürzen. Yuito und seine Kameraden setzen alles daran, diese Rebellion aufzuhalten. Doch dafür müssen der Vorsitzende und der Rest des Rats in Sicherheit gebracht werden.

Kasane und ihr Platoon sind an einem seltsamen Ort gelandet. Als sie sich nach Suoh begeben, finden sie die Stadt in Trümmern wieder. Was hat sich nur zugetragen? Und sind sie immer noch in dem Suoh, das sie kennen?

Yuito soll zum Nationalhelden erklärt werden, um die Bürger von New Himuka von der gegenwärtigen Lage abzulenken. Er selbst hat jedoch mit Gedächtnisverlust zu kämpfen. Daraufhin lässt er sich im Krankenhaus durchchecken.

Yuito und sein Platoon haben Nagi im Krankenhaus gefunden. Nagi leidet an enormen Erinnerungsverlust und weiß nicht genau, was ihm widerfahren ist. Yuito möchte ihm helfen, aber plötzlich werden sie von Anderen angegriffen.

Fubuki enthüllt Yuito und seinem Platoon, welchen Plan er verfolgt, um die grausamen Experimente von New Himuka aufzudecken. In der Zwischenzeit versucht Kasane einen Weg zu finden, um Naomi wieder in einen Menschen zurückzuverwandeln.

Yuito und sein Team haben herausgefunden, woraus das Wundermittel besteht. Bei ihrer weiteren Suche treffen sie wieder auf Nagi, der jedoch nicht als Kamerad gekommen ist. Yuito gibt trotzdem nicht auf und unternimmt alles, um seinen Freund zurückzuholen.

Yuito, der als Verräter gebrandmarkt wurde, beschließt, mit seinen Kameraden nach Togetsu zu gehen. Sie hoffen, dort Antworten auf die vielen ungelösten Fragen zu finden. Auch Kasane und ihr Team macht sich auf den Weg nach Togetsu.

Yuitos Platoon erhält Zugriff auf die Geschichte der Menschheit, die ihnen bisher verschwiegen wurde. In der Zwischenzeit werden Kasane und ihre Leute von den Anhängern Togetsus gefangen gehalten.

Yuito und seine Leute haben die Chance, BABE, den Supercomputer von Togetsu, nach Informationen zu durchforsten. Allerdings kommt es zu einer Störung und der Supercomputer versucht, ihre Gehirne zu übernehmen.

Kagero vertraut seinen Kameraden sein Geheimnis an und erzählt ihnen von der Vergangenheit, bevor New Himuka gegründet wurde. Dabei erfahren Yuito und seine Leute auch den Ursprung der Anderen.

Yuito und seine Leute sind zurückgekehrt nach New Himuka. Dort werden sie von Nagi überrascht, der wieder einer Gehirnwäsche unterzogen wurde. Es kommt zum Showdown zwischen ihm und Yuito.

Kasane und ihre Kameraden erfahren, dass die Anderen menschlichen Ursprungs weggebracht werden. Sie nehmen die Verfolgung auf und finden etwas Schreckliches heraus.

Fubuki tauscht Informationen mit Yuito, Kasane und den anderen aus. Er erzählt ihnen von seiner Vergangenheit mit Alice und Karen.

Kagero möchte Yuito etwas beichten. Ein schreckliches Geheimnis liegt ihm auf der Seele. Wie wird Yuito darauf reagieren?

Yuito und Kasane erfahren etwas über die Vergangenheit ihrer Mutter. Sie finden auch heraus, was sie als Nächstes tun müssen, um weitere Informationen über das Kunad-Tor zu erhalten.

Yuito und Kasane verbringen etwas Zeit mit ihrer Mutter. Sie erzählt ihnen von dem Dimensionsgewirr und wie sie es korrigieren können.

Wakanas Rückkehr in ihre eigene Zeit hat nicht das gewünschte Ergebnis erreicht. Yuito und Kasane müssen sich mit einem neuen und komplexen Gewirr auseinandersetzen. Yuito trifft Kaito zum vielleicht letzten Mal, aber wird er ihm geben, was er will?

Die Hölle bricht aus, als der Extinktionsgürtel auf einen Rekordtiefstand sinkt. Kaito nimmt seinen Posten wieder ein, als die Anderen drohen, Suoh zu überrennen. Yuito und seine Kameraden machen sich auf den Weg zum Sumeragi-Grab, um das letzte Gewirr zu lösen.

Ein Schock erwartet Yuito und seine Kameraden, als sie Karen im Grab begegnen. Können sie ihn überzeugen, zu helfen? Yuito und Kasane bedauern, was mit Nagi und Naomi geschehen ist, und sie müssen drastische Maßnahmen ergreifen, um die Welt zu retten.

Yuito und seine Leute versuchen, Karen zu überzeugen, die Welt zu retten. Ein mutiger Plan wird ausgeheckt, um zwei Fliegen mit einer Klappe zu schlagen, aber ist Yuito dem gewachsen? Karen trifft daraufhin eine schicksalhafte Entscheidung.

Yuito beginnt eine neue Reise und Kasane wird mit einer neuen Mission betraut. Auf ihre Kameraden warten Beförderungen und neue Herausforderungen.