In Paris wird ein US-amerikanischer Polizist getötet. Das Fly Team um Forrester fliegt hin, um zu ermitteln – in Begleitung der neuen Europol-Agentin Megan „Smitty“ Garretson. Wie sich herausstellt, ist der Polizist vor Ort einer Firma nachgegangen, die möglicherweise Waffenhandel betreibt. Als die Verdächtigen radioaktives Material für eine Bombe stehlen, gibt das Team alles, um sie aufzuhalten.

Forresters Team wird beauftragt, in Budapest einen Online-Pädophilen zu ermitteln. Er soll junge Mädchen aus den USA im Netz belästigen und erpressen. Eins seiner Opfer ist die 17-jährige Charlotte, die auf eigene Faust nach Ungarn reist, um dem Team zu helfen. Zusammen gelingt es ihnen, den Täter zu fassen.

Als Demonstranten eine Villa in Mallorca stürmen, finden sie dort eine Tote. Es handelt sich um die Schwiegertochter des mächtigen Unternehmers Ronen Sofer, der den Behörden bereits bekannt ist. Da sie vorhatte, das millionenschwere Haus zu verkaufen und der Familie zu entkommen, vermutet Forresters Team, dass ihr Ehemann der Täter ist. Doch wie sich herausstellt, wurde sie von dem befreundeten Buchhalter getötet, nachdem sie herausfand, dass er sie um ihren Besitz betrügen wollte.

Das Team um Forrester reist in die Türkei, um der Ex-Marine-Soldatin Emily Reid zu helfen. Sie wird dort unter dem Vorwand festgehalten, Antiquitäten zu schmuggeln. Doch als sich herausstellt, dass sie für die CIA arbeitet, muss das Team sie befreien, bevor die Situation eskaliert. Also planen Forrester und Co. einen Gefängnisausbruch. Schließlich können die Agenten sie aus dem Land schleusen und sie mit ihrer Familie vereinen.

In Bukarest wird die schwangere Cosmina vermisst – sie steht kurz vor der Entbindung. Das Fly Team ist im Einsatz, da sie die Leihmutter eines US-amerikanischen Paars ist. Doch als Forrester und Co. Cosmina aufspüren, ist sie nicht länger schwanger. Wo ist das Baby? Wie sich herausstellt, wollte die verantwortliche Klinik das Kind an ein anderes Paar verkaufen. Zusammen mit den lokalen Behörden kann das Team das flüchtige Paar aufhalten und das Kind an seine biologischen Eltern übergeben. Unterdessen ermittelt Forrester auf eigene Faust, in welchen Schwierigkeiten der Vater des Nachbarsjungen steckt.

Eine US-Soldatin bittet ihre Freundin Special Agent Cameron Vo um Hilfe: Ihr Neffe Kody wird auf Kreta vermisst. Wie sich herausstellt, ist der Teenager Teil einer terroristischen Gruppierung. Vo und seine Tante können ihn zwar aufspüren, doch sie zweifeln daran, dass er freiwillig ausgestiegen ist. Schließlich offenbart er den wahren Plan der Extremisten: Da sie sich gegen das US-Militär auflehnen, sollte er sich auf die Basis seiner Tante einschleusen, um dort einen Angriff zu ermöglichen. Nach einer Schießerei und Explosion gelingt es den Agenten, die Basis zu sichern und die Täter zu stellen. Vo sieht sich gezwungen, Kody auszuliefern, was ihre Freundschaft zu seiner Tante zerstört. Währenddessen kümmert sich Forrester darum, die Familie des Nachbarsjungen aus den Griffen eines Mobs zu befreien.

In Barcelona werden der Bodyguard und die Freundin eines scheinbar wohlhabenden US-Amerikaners entführt. Doch in Wahrheit handelt es sich um einen Schwindler, der schon viele Frauen um ihr Geld betrogen hat. Steckt er hinter der Entführung? Da erhält er eine ungewöhnliche Lösegeldforderung: Die Summe entspricht exakt der, die er einem seiner Opfer gestohlen hat. Diese stellt sich als Tochter eines gefährlichen Mafiosi heraus. Bei der Übergabe können sie ihn jedoch stellen und die Freundin retten. Derweilen kommen sich Raines und die Barbesitzerin Maya näher.

Ein US-amerikanisches Model stürzt in Italien von einem Gebäude – die lokalen Behörden sind überzeugt, dass es Selbstmord war. Doch eine Zeugin hat kurz zuvor das Model mit einem Mann gesehen. Die Spur führt zu Walter Maldini, der Frauen gegenüber bereits gewalttätig war. Special Agent Vo geht undercover, um Maldini zu entlarven. Doch als die Zeugin ihre Aussage ändert, fehlen dem Team die nötigen Beweise. Da gelingt es Smitty, die Nachbarin zu überzeugen, ihre Videoaufnahmen vom Balkon zu teilen: Diese offenbaren, dass Maldini das Model tötete.

Smitty erhält Informationen über einen geplanten Raubüberfall. Dieser soll vom gesuchten Dieb Michael Semien durchgeführt werden. Mit Hilfe ihres Kontaktmanns LaDee schleust sich Special Agent Raines als Fluchtfahrer in Semiens Team ein. Dieser wird jedoch schnell misstrauisch. Schließlich wird beim Überfall LaDee getötet, da Semien von seiner Verbindung zu Europol weiß. Auch Raines ist in Gefahr, doch er kann sich wehren, bis seine Kollegen eintreffen und die Täter verhaften. Außerdem konfrontiert Forrester seinen Vorgesetzten Dandridge, der ihn nach Alabama versetzen will.

Die Spannungen zwischen Forrester und Dandridge bleiben bestehen, als Letzterer eine neue Agentin ins Team holt: Zoey McKenna. Dann bricht das Team zu einem Fall nach Belgrad auf: Dort stirbt ein US-Basketballspieler nach einer Party. Einer seiner Freunde wird verdächtigt, ihn unter Drogen gesetzt zu haben. Zunächst vermutet das Fly Team eine kriminelle Bande dahinter. Schließlich entpuppen sich zwei Mitglieder des Sportteams als die wahren Täter. Forrester beschließt, den Kampf um seinen Job nicht so schnell aufzugeben.

Eine junge Frau fleht in einem Geschäft in Österreich um Hilfe. Es handelt sich um die seit Jahren vermisste US-Amerikanerin Katie Marsh. Das Fly Team verfolgt vor Ort ihre Spur bis zu einem Motel: Dort stoßen sie auf Aufnahmen, die Katie, ihren Entführer und ein weiteres Opfer zeigen. Allerdings bereitet Dandridge dem Team Probleme, indem er den Fall zu früh an die Öffentlichkeit trägt. Forrester fordert die neue Agentin McKenna auf, sich für eine Seite zu entscheiden. Schließlich kann das Team den Täter stellen und die Opfer retten – außerdem spricht sich McKenna gegen Dandridge aus, sodass Forrester wieder das Team anführt.

Europol-Agentin Jaeger bittet Forrester und sein Team um Unterstützung in Berlin. Dort tötet ein US-Amerikaner Mitglieder des ehemaligen Stasi-Programms „Indigo“. Durch eine Aufnahme kann das Team die Stimme des Täters identifizieren: Es handelt sich um Paul Kennard, der ursprünglich aus Ost-Berlin stammt, aber nach dem Tod seiner Eltern von seiner Schwester getrennt in den USA aufgewachsen ist. Er macht das Programm für die Zerstörung seiner Familie verantwortlich. Als Kennard den Leiter des Programms konfrontiert, eskaliert die Situation. Doch schließlich kommt die Wahrheit ans Licht und Kennard gesteht seine Taten.

In Budapest stirbt ein US-amerikanischer Anwalt bei einer Autoexplosion. Er vertritt ein Unternehmen bei einem Rechtsstreit um die Gesundheit seiner Mitarbeiter. Die Ermittlungen des Fly Teams ergeben, dass der Anwalt möglicherweise Seiten gewechselt hat. Außerdem decken Forrester und Co. persönliche Verstrickungen auf. Schließlich entpuppt sich jedoch der Anwalt der Gegenseite als der Täter: Er wollte, dass ein neuer Anwalt hinzugezogen wird und eine schnelle Einigung erzielt. Unterdessen kommen sich Kellett und ein ungarischer Polizist näher.

Als ein Flugzeug in Marokko notlanden muss, verschwindet ein US-amerikanischer Passagier auf dem Weg ins Krankenhaus. Forrester und Co. finden heraus, dass es sich bei dem Entführten um einen Agenten der Drogenvollzugsbehörde handelt. Sie vermuten, dass die marokkanische Mafia dahintersteckt. Nachdem sie die Personen befragen, die den Agenten im Flugzeug betäubten, damit er fälschlicherweise ins Krankenhaus kommt, können sie ihn schließlich aufspüren.

Als ein ungarischer Polizist ein Paar ermordet, unterstützt das Fly Team die lokalen Behörden. Allerdings wird der Fall für Kellett schnell persönlich, denn: Es besteht eine Verbindung zu ihrem Freund, der für die ungarische Polizei tätig ist.

Als ein US-amerikanischer Architekt in Rom entführt wird, ermittelt das Fly-Team. Forrester und Co. erhalten dabei Unterstützung von den FBI-Agenten Valentine und Chase, denn: Die Entführung könnte mit einem geplanten terroristischen Attentat in New York zusammenhängen. Die Spur führt zu General Lenkov, der kürzlich seine Familie bei einem Drohnenangriff verlor und die USA dafür verantwortlich macht. Beim Versuch, den Architekten zu befreien, können die Verdächtigen fliehen. Dabei wird jedoch die schwangere Agentin Chase angeschossen.

Das Crossover wird fortgesetzt bei "FBI" 5x17 ("Unmittelbare Bedrohung", 2/3) und "FBI: Most Wanted" 4x16 ("Unmittelbare Bedrohung", 3/3)."

Forresters Team fliegt nach Wien, da dort eine US-amerikanische Primaballerina Opfer eines Säureangriffs wurde. Zunächst verdächtigen die Agenten ihre Kollegen sowie ihren Freund. Doch wie sich herausstellt, arbeitet dieser mit der österreichischen Regierung zusammen und hat sich dadurch Feinde gemacht. Einer davon entpuppt sich als der wahre Täter, den das Team schließlich stellen kann.

Forrester erhält von einem Kontakt eine Warnung, dass ein russischer Attentäter hinter ihm her ist: Pavlovic ist aus dem Gefängnis ausgebrochen und will sich für den Tod seines Bruders an Forrester rächen. Das Team beschützt Forrester und macht sich in Budapest auf die Suche nach Pavlovic, der auch von russischen Agenten gesucht wird. Als Raines’ Freundin schließlich als Geisel genommen wird, konfrontiert Forrester seinen Verfolger und schaltet ihn aus.

Nachdem in Stockholm ein US-amerikanischer Tourist getötet wird, fliegt das Fly Team nach Schweden, um zu ermitteln. Sie vermuten, dass es sich bei dem Mord um ein Hassverbrechen einer schwedischen Gruppierung handelt.

Eine vertrauliche Liste wird aus einer schweizerischen Bank gestohlen. Wie sich herausstellt, ist der Cybersicherheitsbeauftragte dafür verantwortlich. Da der Bruder von Europol-Agentin Smitty für die Bank tätig ist, gerät sie schnell in einen Interessenkonflikt. Auch politisch spitzt sich die Lage zwischen der Schweiz und den USA weiter zu. Schließlich muss sich Smitty entscheiden, wem sie vertraut: der eigenen Familie oder dem Fly Team samt Neuzugang Special Agent Damian Powell.

Das Team um Special Agent Forrester reist nach Portugal. Dort ist die Tochter eines US-amerikanischen Hoteliers Hauptverdächtige in einer Mordermittlung. Außerdem sorgt sich Special Agent Raines zunehmend um seine Kollegin Cameron Vo.

Als eine russische neue Nuklearwaffe gestohlen wird, muss das Fly Team den Verkauf aufhalten. Dabei kommt es zu Spannungen zwischen Kellett und Powell. Bei den Ermittlungen stößt das Team auf Olivia Thornton, eine vermeintliche Reise-Bloggerin, die sich als Waffenhändlerin entpuppt. Sie führt sie zum Käufer Yusuf Sydin. Die FBI-Agents können ihn zwar stellen, haben aber nicht genug Beweise gegen ihn in der Hand. Als sie die einzige Zeugin in Sicherheit bringen wollen, kommt es zu einer Explosion.