Vor vier Jahren wurde mithilfe des sogenannten Sagan-Manifestes der Waffenstillstand zwischen den Menschen und den als D2 bekannten Monstern, die die Erde belagern, verkündet. Seitdem ist Musik auf dem Planeten tabu und jede Art von Melodie ist verstummt. Als der kleine Junge Jimmy eines Tages ein Klavier vorfindet, kann er sich keinen Reim machen, was das Teil vor ihm sein soll, bis ein junger Mann anfängt, die Tasten jenes Instrumentes zu drücken ...

Vor zehn Jahren attackierten die D2 Boston und veranstalteten in der Bostoner Konzerthalle ein Blutbad, was als Tragödie von Boston in die Geschichtsbücher einging. Bei diesem Angriff verlor der berühmte Dirigent und Takts Vater Kenji Asahina sein Leben, woraufhin der noch junge Takt damit beginnt, sich mit seinem Klavier in seiner Garage zu verbarrikadieren.

Cosette ist als Destiny, der Musikschaffenden, wiedererwacht. Sie weiht Takt darin ein, dass sie diejenige sein wird, welche die D2 ausrotten wird. Zudem übergibt sie Takt ihren Taktstab, mit dem er sie im Kampf als Dirigent führt. Zuhause treffen Takt, Destiny und Anna dann jedoch auf Lenny und Titan, die der New Yorker Sinfonica angehören.

Auf ihrem Weg nach New York erhalten Takt und Destiny Spezial-Kampfunterricht von Lenny und Titan. Jedoch schaffen Takt und Destiny es nicht, zusammen zu harmonieren. Daraufhin überrascht sie ein ehemaliger Freund von Lenny, Jonathan, der sie auf den Bauernhof mitnimmt, auf dem er arbeitet. Er möchte ihnen gerne sein „Las Vegas“ zeigen …

Nachdem Lenny und Titan sich verabschiedet haben, sind Takt und seine Mitstreiter wieder quer durch das Land unterwegs. Nachdem erneut ein Kampf gegen ein wildes D2 aufkommt, erleben Takt und Anna, wie Destiny einen ganzen Zug stoppt. Daraufhin werden sie von Schindler, der sich als Oberkommandanten der Sinfonica bezeichnet, und seinen zwei Musikschaffenden überrascht ...

Takt und seine Freunde machen einen Zwischenstopp und erreichen eine Stadt, in der alles wie ausgestorben wirkt. Sie wird nur noch von älteren Menschen bewohnt. Obwohl Anna und Destiny eigentlich Vorräte kaufen wollen, werden sie dadurch auch von den Bewohnern darum gebeten, ihnen bei einigen Dingen zu helfen. In der Zwischenzeit hört Takt bei einem Spaziergang durch die Straßen vertraute Töne …

Auf ihrer Reise fahren Anna, Destiny und Takt durch eine Stadt, die erst kürzlich von D2 zerstört wurde. Doch schon die nächste Stadt ist in Alarmbereitschaft, weil die D2, die in letzter Zeit verstärkt erwachen, sie ins Visier genommen haben. Inmitten all diesem Chaos versucht Takt jedoch rastlos, eine Idee für etwas zu finden …

Sowohl die wiederauferstandenen D2 als auch der Angriff auf Takts Heimatstadt und dem einhergehenden Tod von Cosette waren Teil des Plans von Schindler. Mit diesem will er den Pöbel eliminieren, um eine ideale Welt für auserwählte Individuen aufzubauen. Takt kann sich mit diesem Wissen nun nicht mehr zurückhalten und greift Schindler an, nur um von Hell zurechtgewiesen zu werden. Als Destiny jedoch den blutüberströmten Takt sieht, kochen in ihr auch völlig neue Emotionen hoch …

Takt und seine Freunde haben ihr Ziel, New York, endlich erreicht. Dort treffen sie auf Annas Schwester, Charlotte, die in der Technologieentwicklungs-Abteilung der Sinfonica arbeitet. Sie will auf Anfrage von Lenny Destiny einer Umstimmung unterziehen, um ihre Inkonsistenzen zu eliminieren. Vorher entdeckt Anna jedoch etwas an Takts Arm, das ihr Sorgen macht …

Lenny denkt an die Vergangenheit und unersetzbare Bezugspersonen für ihn zurück. Der steinige Weg, der ihn hergebracht hat, führt nun zum Unausweichlichen. Er und Titan treffen sich mit Takt und Destiny, um ihnen von allem ausführlich zu berichten. Doch zu ihnen gesellt sich auch noch ein weiterer, ungebetener Gast …

Sagan aktiviert einen gigantischen Schwarznacht-Meteoritensplitter, der sich mit einem Schlag auf das gesamte Gelände der Sinfonica in New York ausbreitet. Das führt auch dazu, dass Unmengen an D2 nun dort auftauchen. Als Takt, Destiny und Titan davon Wind kriegen, merken sie, dass weder Anna noch Charlotte aktuell zu Hause sind …