ネオサンフランシスコに到着した一人の青年ムテキ。人が溢れるきらびやかな最先端シティに圧倒されていると、DJと名乗る謎の男に絡まれる。あれやこれやとしつこく絡んでくるDJから逃げるようにしてその場を離れるムテキだったが、偶然入った海辺のダイナーにはローラースケートを履いた可愛い店員アイダさんが。彼女によると今夜フェスがあり、オーロラという超人気アーティストも参加するという。アイダさんにすっかり心奪われてしまったムテキは勧められるがままフェスに行ってみることに…。すると、とんでもない出来事に巻き込まれてしまう！

フェスでの活躍によりムテキングのランキングは急上昇！突然、ネオ・サンフランシスコ中の人々の注目を浴びることになり戸惑うムテキは、ひょんなことから旧金融街にあるレトロなゲームセンターに迷い込む。そこで謎のドラァグクイーン店長ヴィヴィと常連の4兄妹と出会い、アーケードゲームで大盛り上がり。そんな中、オクティンク社の新製品オクタGOがリリース！街中が最先端ガジェットに熱狂するが、またも不穏な空気が蔓延し始める…

４兄妹とゲームセンターでいつもの様に楽しむムテキ。店長のヴィヴィから父親の秘密を知らされる。気になるものの、いつものダイナーで憧れのアイダさんとの会話に夢中のムテキ。一方、４２８スクエアで話題の寿司屋「ローリングSUSHI ZEN」がオープン！お腹をすかせたムテキは行ってみることに。そこには未知なる回転と想像を絶するエクスペリエンスが待っていた…

街ではMUTEKINGが話題沸騰！ひとり赤いジャケットを着て鏡の前でポーズをキメてみるムテキは、DJとサラに冷やかされるも満更でもない様子。DJに髪形まで変えられイメチェンしたムテキが、いつもの様にゲームセンターに行くとアキやサマーにも大好評！ヴィヴィの「モテモテよ」の言葉にアイダさんの反応が気になるムテキはダイナーへと向かう。イメチェンした姿をアピールするも、突然現れたDJとアイダさんが何故か良い雰囲気に。

超人気アーティスト、オーロラの新曲がチャートを急上昇。それに合わせて暗黒化がどんどん進行していくネオ・サンフランシスコ。その事実に気づいたムテキとDJは自分達で街を取り戻そうと決意する。オーロラの新曲に対抗するには今まで通りでは対抗できないと知る２人は新曲（ニューソング）の制作に取り掛かるが中々進まずに喧嘩別れしてしまう。街で見かけたDJの行動に自分で街を守る決意をしたムテキはモンスターに一人で立ち向かうが…

雨のネオ・サンフランシスコ、セオの計画は着々と進行していた。オーロラ人気に押されているムテキとDJは新曲作りに苦戦していた。サラの話す伝説のマスターオブセレモニー、MCベイビーに曲作りの秘訣を教えてもらうことを思いついた２人は、熱狂のど真ん中にMCベイビーがいる筈だという情報を掴み、街中の熱狂スポットを探し回る。手がかりもないまま、廃墟のスタジアムにたどり着いた2人が見るものとは―。

新曲が完成し、ネオ・サンフランシスコではムテキングが大バズり！ムテキとDJは、取材、CM、歌番組出演など多忙なスケジュールを軽々とこなしてゆく。「レッドメタリックテープ」を手にしたムテキは一人でムテキングに変身し、あっという間にモンスターを倒してゆく。向かうところ敵なし、無敵モードのムテキは有頂天。再びアイダさんにアタック！し、見事デートの約束を取り付けたムテキは２度目のデートへと向かう―。

セオの計画、オクティンク・タワーが遂に完成する。セオは捕らえたDJを前にその圧倒的な力を見せつける。異変を感じたムテキは街へと飛び出す。ムテキが目撃したのは、以前とは全く違う暗黒化した街と生気なく徘徊する人々の姿だった。セオによってタワーから発せられたビームは街を次々と破壊し不気味なバリアで街を覆ってしまう。目の前の出来事にただただ呆然と立ち尽くすムテキであった。

オクティンク社の最上階、救出に来たムテキが目にしたDJは別人の様に変わってしまっていた。ムテキの説得にも耳も貸さず、ムテキとのコンビを解消すると言い出すDJ。そこに登場したセオを前に問い詰めるムテキ。セオは自分自身、そしてオクティンク社の計画を饒舌に説明し始める。次々と明かされる真実の数々に圧倒されるムテキ。追い打ちをかける様に新たなゲストが登場する。

ダークサイドに落ちたDJから黒墨を吸い出し救出しようとするヴィヴィ。DJは苦しみの中、幼少の頃の真実の記憶を取り戻す。元に戻ったDJは黒墨化して溶け落ちるムテキを追って黒墨プールの中に自らも飛び込んでしまう。絶望するヴィヴィ、微笑むセオ。一方、サラとジョージはタワーをジャックしようと画策、タワー内ではナオミたち一同はニンジャーズと対峙、遂に外へと飛び出す４兄妹。混沌の中、黒墨プールが七色に発光し始める―。

暗黒のムテキング、“ムテキング・ブラック”に変身したセオを前に唖然とするムテキとDJ。ムテキング・ブラックのパワーによって地球は暗黒で覆われてしまう。ムテキング・ブラックの攻撃によってムテキングは傷つき生身のムテキに戻されてしまう。さらに続くセオの攻撃に悲鳴を上げるムテキ。ついにアンと対峙するサラとナオミたち一同、なかなかヴィヴィを救出できない４兄妹。仲間を、街を、そして地球を救うため、ムテキングは再びフロアで踊ることができるのか！